Skip to main content
. 2015 Feb 19;10(2):e0118095. doi: 10.1371/journal.pone.0118095

Table 2. Description of shared types found in this study.

SIT a Spoligotype Description Octal Code Clade b n (%)
2 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□□□□□□■□□□□■■■■■■■ 000000004020771 H2 1 (1.5)
17 ■■□■■■■■■■■■□■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 677737607760771 LAM2 4 (5.9)
19 ■■□■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■□□□□■□■■■■■■■■■ 677777477413771 EAI2-Manila 1 (1.5)
20 ■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 677777607760771 LAM1 1 (1.5)
34 ■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 776377777760771 S 2 (2.9)
42 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777777607760771 LAM9 5 (7.4)
47 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□■□□□□■■■■■■■ 777777774020771 H1 2 (2.9)
50 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ 777777777720771 H3 6 (8.8)
51 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□□□□ 777777777760700 T1 2 (2.9)
53 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777777777760771 T1 17 (25)
92 ■■■□□□□□□□□□■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 700076777760771 X3 1 (1.5)
137 ■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■□□□□■ 777776777760601 X2 3 (4.4)
232 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■ 777777760000171 Unk 1 (1.5)
335 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ 777777607720771 Unk 1 (1.5)
371 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ 777777007720771 H3 1 (1.5)
406 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□■■■ 000000000000731 Beijing 1 (1.5)
469 □□□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 077777607760771 LAM9 1 (1.5)
478 ■■□□□■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■□□□□■ 617776777760601 X2 1 (1.5)
535 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777777707760771 T1 1 (1.5)
732 ■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777763777760771 T1 1 (1.5)
1215 ■■□■■■■■■■■■□■■■□■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 677735607760771 LAM2 1 (1.5)
1225 ■■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■□□□□□□□□■■■□□□□■■■■■■■ 776377700160771 S 1 (1.5)
1231 ■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■□■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777774057760771 T5 4 (5.9)
1356 ■■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■□■■ 776377777760751 S 1 (1.5)
1686 ■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□■□□□□□□■□□□□■■■■■■■ 777740004020771 H1 1 (1.5)
2007 ■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■□■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777737677760771 T3 1 (1.5)
2212 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■□□■■■□■□□□□■□■■■■■ 777777404720571 H3 1 (1.5)
3434* ■■■■■■■□□■■■■□□□□□□□□□□■□■■■■□■□□□□□■■■■■■■ 774740005720771 Unk 2 (2.9)

aIn the SITVITWEB database, the spoligo (shared) international type (SIT) numbers designate spoligotypes shared by two or more patient isolates.

*SIT3434 is a newly created shared type due to two strains belonging to a new pattern within this study.

bClade designations according to the SITVITWEB database: Beijing clade, East African-Indian (EAI) clade and 9 sublineages, Haarlem (H) clade and 3 sublineages, Latin American-Mediterranean (LAM) clade and 12 sublineages, the ancestral “Manu” family and 3 sublineages, the S clade, the IS6110-low-banding X clade and 3 sublineages, and an ill-defined T clade with 5 sublineages. Unk, unknown patterns within any of the major clades described in the database.