Table 2. Description of shared types found in this study.
SIT a | Spoligotype Description | Octal Code | Clade b | n (%) |
---|---|---|---|---|
2 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□□□□□□■□□□□■■■■■■■ | 000000004020771 | H2 | 1 (1.5) |
17 | ■■□■■■■■■■■■□■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 677737607760771 | LAM2 | 4 (5.9) |
19 | ■■□■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■□□□□■□■■■■■■■■■ | 677777477413771 | EAI2-Manila | 1 (1.5) |
20 | ■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 677777607760771 | LAM1 | 1 (1.5) |
34 | ■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 776377777760771 | S | 2 (2.9) |
42 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 777777607760771 | LAM9 | 5 (7.4) |
47 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□■□□□□■■■■■■■ | 777777774020771 | H1 | 2 (2.9) |
50 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ | 777777777720771 | H3 | 6 (8.8) |
51 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□□□□ | 777777777760700 | T1 | 2 (2.9) |
53 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 777777777760771 | T1 | 17 (25) |
92 | ■■■□□□□□□□□□■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 700076777760771 | X3 | 1 (1.5) |
137 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■□□□□■ | 777776777760601 | X2 | 3 (4.4) |
232 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■ | 777777760000171 | Unk | 1 (1.5) |
335 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ | 777777607720771 | Unk | 1 (1.5) |
371 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ | 777777007720771 | H3 | 1 (1.5) |
406 | □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□■■■ | 000000000000731 | Beijing | 1 (1.5) |
469 | □□□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 077777607760771 | LAM9 | 1 (1.5) |
478 | ■■□□□■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■□□□□■ | 617776777760601 | X2 | 1 (1.5) |
535 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 777777707760771 | T1 | 1 (1.5) |
732 | ■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 777763777760771 | T1 | 1 (1.5) |
1215 | ■■□■■■■■■■■■□■■■□■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 677735607760771 | LAM2 | 1 (1.5) |
1225 | ■■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■□□□□□□□□■■■□□□□■■■■■■■ | 776377700160771 | S | 1 (1.5) |
1231 | ■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■□■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 777774057760771 | T5 | 4 (5.9) |
1356 | ■■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■□■■ | 776377777760751 | S | 1 (1.5) |
1686 | ■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□■□□□□□□■□□□□■■■■■■■ | 777740004020771 | H1 | 1 (1.5) |
2007 | ■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■□■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ | 777737677760771 | T3 | 1 (1.5) |
2212 | ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■□□■■■□■□□□□■□■■■■■ | 777777404720571 | H3 | 1 (1.5) |
3434* | ■■■■■■■□□■■■■□□□□□□□□□□■□■■■■□■□□□□□■■■■■■■ | 774740005720771 | Unk | 2 (2.9) |
aIn the SITVITWEB database, the spoligo (shared) international type (SIT) numbers designate spoligotypes shared by two or more patient isolates.
*SIT3434 is a newly created shared type due to two strains belonging to a new pattern within this study.
bClade designations according to the SITVITWEB database: Beijing clade, East African-Indian (EAI) clade and 9 sublineages, Haarlem (H) clade and 3 sublineages, Latin American-Mediterranean (LAM) clade and 12 sublineages, the ancestral “Manu” family and 3 sublineages, the S clade, the IS6110-low-banding X clade and 3 sublineages, and an ill-defined T clade with 5 sublineages. Unk, unknown patterns within any of the major clades described in the database.