Table 1.

Performance of ViroSeq® sequencing primers A, B, C, D, F, G and H, for each subtype and circulating recombinant forms of 138 HIV-1 from Central Africa and 37 subtype B HIV-1 from France.

	HIV-1 subtype or CRF	Na	ViroSeq® Sequencing Primers µ							Percent for which >1 Primer Failed
			A	B	C	D	F	G	H
Central Africa	A1	9	1 (11)	1(11)	0 (0)	8 (89)	4 (44)	0 (0)	0 (0)	5 (56)
	B	2	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	CRF01	10	2 (20)	2 (50)	0 (0)	9 (90)	1 (10)	1 (10)	2 (20)	2 (20)
	CRF02	48	7 (14)	1 (2)	2 (4)	37 (77)	11 (23)	2 (4)	9 (19)	16 (33)
	CRF06	2	0 (0)	0 (0)	0 (0)	2 (100)	1 (50)	0 (0)	0 (0)	1 (50)
	CRF09	7	0 (0)	0 (0)	0 (0)	4 (57)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	CRF11	20	6 (30)	1(5)	2 (10)	12 (60)	2 (10)	3 (15)	6 (30)	7 (35)
	CRF13	3	0 (0)	0 (0)	0 (0)	3 (100)	0 (0)	0 (0)	1 (33)	2 (67)
	CRF14	5	0 (0)	0 (0)	0 (0)	5 (100)	2 (40)	0 (0)	1 (20)	2 (40)
	CRF15	4	0 (0)	0 (0)	0 (0)	4 (100)	2 (50)	0 (0)	0 (0)	2 (50)
	D	9	0 (0)	0 (0)	0 (0)	6 (67)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	F1	3	2 (67)	0 (0)	0 (0)	3 (100)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	2 (67)
	F2	3	0 (0)	0 (0)	0 (0)	3 (100)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	G	10	2 (20)	0 (0)	0 (0)	7 (70)	0 (0)	0 (0)	2 (20)	1 (10)
	H	1	0 (0)	0 (0)	0 (0)	1 (100)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	K	1	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)	0 (0)
	U	1	1 (100)	0 (0)	0 (0)	1 (100)	1 (100)	0 (0)	0 (0)	1 (100)
	Total	138	21 (15)	5 (4)	4 (3)	105 (76)	24 (17)	6 (4)	21 (15)	41 (30)
France	B£	37	2 (5)	1 (3)	2 (5)	14 (38)	1 (3)	2 (5)	0 (0)	5 (14)

^μNumber of negative detection; percent in brackets.

^aTotal number of samples that were sequenced using the ViroSeq® primers.

^£Control subtype B HIV-1 from France.

^CRF: Circulating recombinant form.