Skip to main content
. 2015 Mar 19;10(3):e0119684. doi: 10.1371/journal.pone.0119684

Table 1. Oligonucleotides utilised in this study.

Primer name Sequence
NisI1degFOR 5’ ATT ACA AGT NNK TCG CTA TGT ACA CCC GGT TGT AAA ACA 3’
NisI1degREV 5’ ACA TAG CGA MNN ACT TGT AAT GCG GGT TGA TGC ACC TGA 3’
NisT2degFOR 5’ CCA CGC ATT NNK AGT ATT TCG CTA TGT ACA CCC GGT TGT 3’
NisT2degREV 5’ CGA AAT ACT MNN AAT GCG GGT TGA TGC ACC TGA ATC TTT 3’
NisI4degFOR 5’ ATT ACA AGT NNK TCG CTA TGT ACA CCC GGT TGT AAA ACA 3’
NisI4degREV 5’ ACA TAG CGA MNN ACT TGT AAT GCG TGG TGA TGC ACC TGA 3’
NisS5degFOR 5’ ACA AGT ATT NNK CTA TGT ACA CCC GGT TGT AAA ACA GGA 3’
NisS5degREV 5’ TGT ACA TAG MNN AAT ACT TGT AAT GCG TGG TGA TGC ACC 3’
NisL6degFOR 5’ AGT ATT TCG NNK TGT ACA CCC GGT TGT AAA ACA GGA GCT 3’
NisL6degREV 5’ GGG TGT ACA MNN CGA AAT ACT TGT AAT GCG TGG TGA TGC 3’
NisP9degFOR 5’ CTA TGT ACA NNK GGT TGT AAA ACA GGA GCT CTG ATG GGT 3’
NisP9degREV 5’ TTT ACA ACC MNN TGT ACA TAG CGA AAT ACT TGT AAT GCG 3’
NisG10degFOR 5’ TGT ACA CCC NNK TGT AAA ACA GGA GCT CTG ATG GGT TGT 3’
NisG10degREV 5’ TGT TTT ACA MNN GGG TGT ACA TAG CGA AAT ACT TGT AAT 3’
NisG14degFOR 5’ TGT AAA ACA NNK GCT CTG ATG GGT TGT AAC ATG AAA ACA 3’
NisG14degREV 5’ CAT CAG AGC MNN TGT TTT ACA ACC GGG TGT ACA TAG CGA 3’
NisA15degFOR 5’ AAA ACA GGA NNK CTG ATG GGT TGT AAC ATG AAA ACA GCA 3’
NisA15degREV 5’ ACC CAT CAG MNN TCC TGT TTT ACA ACC GGG TGT ACA TAG 3’
NisL16degFOR 5’ ACA GGA GCT NNK ATG GGT TGT AAC ATG AAA ACA GCA ACT 3’
NisL16degREV 5’ ACA ACC CAT MNN CGA TCC TGT TTT ACA ACC GGG TGT ACA 3’
NisM17degFOR 5’ GGA GCT CTG NNK GGT TGT AAC ATG AAA ACA GCA ACT TGT3’
NisM17degREV 5’ GTT ACA ACC MNN CAG AGC TCC TGT TTT ACA ACC GGG TGT 3’
NisG18degFOR 5’ GCT CTG ATG NNK TGT AAC ATG AAA ACA GCA ACT TGT CAT 3’
NisG18degREV 5’ CAT GTT ACA MNN CAT CAG AGC TCC TGT TTT ACA ACC GGG 3’
NisA24degFOR 5’ ATG AAA ACA NNK ACT TGT CAT TGT AGT ATT CAC GTA AGC 3’
NisA24degREV 5’ ATG ACA AGT MNN TGT TTT CAT GTT ACA ACC CAT CAG AGC 3’
NisH27degFOR 5’ GCA ACT TGT NNK TGT AGT ATT CAC GTA AGC AAA TAA TCT 3’
NisH27degREV 5’AAT ACT ACA MNN ACA AGT TGC TGT TTT CAT GTT ACA ACC 3’
NisI30degFOR 5’ CAT TGT AGT NNK CAC GTA AGC AAA TAA TCT AGA GTCG AC 3’
NisI30degREV 5’ TTT GCT TAC GTG MNN ACT ACA ATG ACA AGT TGC TGT TTT 3’
NisH31degFOR 5’ TGT AGT ATT NNK GTA AGC AAA TAA TCT AGA GTC GAC CTG 3’
NisH31degREV 5’ TTT GCT TAC MNN AAT ACT ACA ATG ACA AGT TGC TGT TTT 3’
NisV32degFOR 5’ AGT ATT CAC NNK AGC AAA TAA TCT AGA GTC GAC CTG CAG 3’
NisV32degREV 5’ TTA TTT GCT MNN GTG AAT ACT ACA ATG ACA AGT TGC TGT 3’
NisS33degFOR 5’ ATT CAC GTA NNK AAA TAA TCT AGA GTC GAC CTG CAG CAA 3’
NisS33degREV 5’AGA TTA TTT MNN TAC GTG AAT ACT ACA ATG ACA AGT TGC 3’
NisK34degFOR 5’ CAC GTA AGC NNK TAA TCT AGA GTC GAC CTG CAG CAA TGG 3’
NisK34degREV 5’ TCT AGA TTA MNN GCT TAC GTG AAT ACT ACA ATG ACA AGT 3’
pCI372FOR 5’- CGGGAAGCTAGAGTAAGTAG -3'
pCI372Rev 5’- ACCTCTCGGTTATGAGTTAG -3’

Emboldened sequences represent degenerate codons (N = A+C+G+T, K = G+T, M = A+C). Underlined sequence corresponds to plasmid (pCI372) DNA.