Table 4. Gene expression values relevant to pyruvate metabolism and the TCA cycle.

Gene	FC Pat. 2	FC Pat. 3	FC Pat. 4	FC Pat. 5	FC Pat. 6	FC Pat. 9	FC Pat. 10	FC Pat. 11	FC Pat. 12	Average FC	p-value (from TDSIT)
Over-expressed
PDK1	16.23	17.82	3.90	5.37	6.22	9.76	6.17	9.34	15.34	10.02	2.07E-06
SLC16A3	7.83	6.55	4.92	3.74	9.35	8.46	2.55	10.06	10.35	7.09	2.99E-06
SLC16A1	4.19	5.10	2.99	2.11	2.10	1.04	5.24	5.73	3.50	3.56	2.68E-04
LDHA	2.99	2.84	3.21	2.72	2.99	2.61	3.23	2.35	4.13	3.01	3.34E-08
Under-expressed
SUCLG1	−4.57	−5.25	−4.71	−5.26	−5.22	−4.41	−2.62	−5.85	−6.42	−4.80	7.88E-08
PDHB	−1.76	−3.69	−1.59	−2.49	−3.63	−2.16	−2.03	−2.89	−4.51	−2.59	4.65E-05
OGDH	−2.14	−1.43	−1.44	−3.24	−1.77	−3.23	−5.35	−1.68	−3.64	−2.40	5.03E-04
PDHA1	−1.53	−2.65	−4.50	−1.35	−3.19	−2.18	−2.37	−2.85	−2.09	−2.38	1.04E-04
SUCLG2	−1.66	−2.84	−2.13	−1.72	−3.00	−2.92	−1.92	−1.98	−3.14	−2.30	9.97E-06
DLST	1.21	−2.03	−1.49	−2.51	−2.06	−4.19	−1.63	−2.62	−3.11	−2.08	1.60E-03
FH	−1.65	−3.89	−1.62	−2.13	−2.21	−2.60	−1.94	−1.32	−1.77	−2.03	1.48E-04
Unchanged
PDK4	2.18	1.31	1.96	1.37	−1.71	1.98	2.11	1.67	−1.02	1.46	3.01E-02
LDHB	−2.27	−1.35	−1.84	−2.05	−3.05	−1.92	−1.74	−1.98	−1.18	−1.87	1.43E-04
IDH2	1.29	−1.86	−2.65	−1.98	−2.21	−3.29	−2.49	−1.44	−1.38	−1.86	2.51E-03
PDK2	−1.33	−1.57	−1.97	−1.56	−1.29	−1.79	−1.62	−1.75	−3.31	−1.73	3.56E-04
ACO2	−1.23	−2.03	−2.28	−1.66	−1.24	−3.15	−1.45	−1.47	−1.78	−1.73	6.57E-04
SDHD	−2.31	−1.11	−1.27	−1.21	−1.71	−1.82	−1.37	−1.80	−3.42	−1.67	2.49E-03
DLAT	1.05	−2.46	−1.66	2.73	−1.65	−2.07	−1.83	−1.67	−3.46	−1.55	7.51E-02
SDHB	−1.48	−1.99	−1.49	−1.23	−1.46	−1.78	−1.02	−2.09	−1.58	−1.53	4.53E-04
SDHC	1.72	−1.41	−1.78	−2.08	−1.03	−2.39	−1.74	−1.60	−2.05	−1.52	2.08E-02
IDH3B	−1.51	−1.20	−1.98	−1.23	−4.85	−1.23	−1.13	1.05	−1.33	−1.50	3.74E-02
DLD	−1.24	−1.16	−1.94	−1.03	−1.64	−2.18	−1.23	−1.46	−1.85	−1.48	1.93E-03
SUCLA2	−1.26	1.19	−1.31	1.09	−1.37	−1.32	−1.23	−2.23	−4.15	−1.44	5.43E-02
MDH2	−1.05	−1.07	−1.30	−1.48	−1.40	−1.52	−2.07	−1.49	−1.15	−1.36	2.32E-03
SDHA	1.01	1.14	−1.87	−1.88	1.10	−1.71	1.00	−1.66	−1.68	−1.33	3.25E-02
IDH3G	−1.21	−1.17	−1.28	−1.20	1.10	−1.47	−2.07	−1.34	−1.24	−1.29	8.11E-03
CS	−1.46	1.12	−1.52	−1.26	−1.34	−1.06	1.04	−1.02	1.22	−1.12	1.54E-01
PDHX	1.63	−1.02	−1.21	−1.12	−1.60	−1.23	−1.11	−1.27	−1.20	−1.12	2.17E-01
IDH3A	1.89	−1.09	−1.81	−1.42	1.28	1.04	−1.44	−1.42	1.56	−1.04	7.70E-01
PDK3	1.29	−1.36	1.11	−1.08	−1.52	1.47	−1.02	−1.22	1.10	−1.02	8.21E-01