Table 1.
Significantly mutated genes based on all luminal versus basal-like breast cancers in The Cancer Genome Atlas dataset
| Gene | Luminal A (n = 225) | Luminal B (n = 126) | Basal-like (n = 93) | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Number of cases | LRT | CT | Number of cases | LRT | CT | Number of cases | LRT | CT | |
| TP53 | 28 | 0 | 0 | 39 | 0 | 0 | 74 | 0 | 0 |
| PIK3CA | 105 | 0 | 0 | 40 | 0 | 0 | 8 | 4.0 × 10−6 | 3.4 × 10−7 |
| GATA3 | 32 | 0 | 0 | 19 | 0 | 0 | 2 | NA | NA |
| MAP3K1 | 30 | 0 | 0 | 6 | 1.7 × 10−8 | 4.7 × 10−7 | 0 | NA | NA |
| MLL3 | 19 | 1.5 × 10−10 | 1.7 × 10−11 | 7 | NA | NA | 6 | NA | NA |
| CDH1 | 23 | 0 | 0 | 6 | 3.6 × 10−3 | 6.6 × 10−3 | 0 | NA | NA |
| MAP2K4 | 16 | 0 | 0 | 3 | NA | NA | 0 | NA | NA |
| RUNX1 | 13 | 0 | 0 | 3 | NA | NA | 0 | NA | NA |
| PTEN | 9 | 4.3 × 10−9 | 1.3 × 10−11 | 6 | 3.7 × 10−6 | 1.9 × 10−7 | 1 | NA | NA |
| TBX3 | 6 | 1.0 × 10−6 | 2.7 × 10−5 | 6 | 9.4 × 10−5 | 1.4× 10−4 | 1 | NA | NA |
| PIK3R1 | 4 | NA | NA | 4 | NA | NA | 2 | NA | NA |
| AKT1 | 8 | 1.4× 10−11 | 3.2× 10−9 | 3 | NA | NA | 0 | NA | NA |
| CBFB | 5 | 4.2× 10−5 | 2.7× 10−5 | 2 | NA | NA | 0 | NA | NA |
| TBL1XR1 | 5 | 2.9× 10−2 | 1.2× 10−3 | 1 | NA | NA | 0 | NA | NA |
| NCOR1 | 12 | 3.8× 10−8 | 6.8× 10−9 | 3 | NA | NA | 2 | NA | NA |
| CTCF | 9 | 8.8× 10−4 | 3.0× 10−6 | 2 | NA | NA | 1 | NA | NA |
| ZFP36L1 | 2 | NA | NA | 4 | 1.3× 10−2 | 1.7× 10−2 | 1 | NA | NA |
| GPS2 | 4 | 1.2× 10−3 | 6.0× 10−3 | 1 | NA | NA | 1 | NA | NA |
| SF3B1 | 7 | 1.1× 10−6 | 5.3× 10−5 | 0 | NA | NA | 1 | NA | NA |
| CDKN1B | 3 | 5.4× 10−3 | 1.9× 10−2 | 1 | NA | NA | 0 | NA | NA |
| USH2A | 7 | NA | NA | 4 | NA | NA | 10 | NA | NA |
| RPGR | 2 | NA | NA | 2 | NA | NA | 4 | NA | NA |
| RB1 | 1 | NA | NA | 4 | NA | NA | 4 | 2.5× 10−2 | 4.8× 10−2 |
| AFF2 | 3 | NA | NA | 3 | NA | NA | 4 | NA | NA |
| NF1 | 6 | NA | NA | 5 | NA | NA | 2 | NA | NA |
| PTPN22 | 1 | NA | NA | 3 | NA | NA | 0 | NA | NA |
| RYR2 | 6 | NA | NA | 10 | NA | NA | 2 | NA | NA |
| PTPRD | 4 | NA | NA | 5 | NA | NA | 1 | NA | NA |
| OR6A2 | 2 | NA | NA | 1 | NA | NA | 0 | NA | NA |
| HIST1H2BC | 1 | NA | NA | 1 | NA | NA | 1 | NA | NA |
| GPR32 | 3 | 8.9× 10−3 | 4.3× 10−2 | 1 | NA | NA | 1 | NA | NA |
| CLEC19A | 0 | NA | NA | 1 | NA | NA | 0 | NA | NA |
| CCND3 | 2 | 1.5× 10−4 | 1.1× 10−3 | 0 | NA | NA | 0 | NA | NA |
| SEPT13 | 2 | NA | NA | 0 | NA | NA | 1 | NA | NA |
| DCAF4L2 | 1 | NA | NA | 3 | NA | NA | 1 | NA | NA |
CT, chemotherapy; LRT, loco-regional treatment; NA, mutations observed were not considered statistically significant.