Table 1. Estimating secondary structure and other structural parameters.

Pairs of variables for correlation		PDB i.d.s
		2b4sb & 2auha	1ybib& 1ybia	1ye3 & 1n8ka	1ulka& 1ulkb	1kx5a& 1kx5e	1tpda& 5tim_	1ftja & 1fw0a	1ewka& 1ewkb	1bpxa& 1bpya	1aonn& 1xck
		Number of protein sequences
		1275	1275	2851	1058	334	1112	2694	2561	692	1940
		SSE frequency
		31/15 & 32/17	2/50 (9) & 2/47 (9)	24/24 (6) & 24/24 (6)	10/10 (12) & 6/10 (12)	47/0 & 49/0	39/16 & 39/15	35/18 & 34/18	33/19 & 33/19	44/15 & 43/15	48/13 & 50/18
		MW (kDa)
		33.2	32.8	39.8	13.7	15.3	26.7	28.8	50.6	37.1	55.2
		CATH class
		3.30.200.20	2.80.10.50	3.40.50.720	3.30.60.10	1.10.20.10	3.20.20.70	3.40.190.10	3.40.50.2300	3.30.210.10	3.30.260.10
		Figure numbers
		1–3	A,B,C	D,E,F	G,H,I	J,K,L	M,N,O	P,Q,R	S,T,U	V,W,X	Y,Z,Ø
ENT	VAR	0.97	0.96	0.96	0.98	0.96	0.97	0.97	0.95	0.95	0.92
KOL	ENT	0.88	0.25	0.95	0.89	0.93	0.93	0.77	0.68	0.80	0.74
KOL	VAR	0.84	0.24	0.90	0.85	0.91	0.90	0.72	0.62	0.75	0.67
HST	KOL	0.08	0.05	0.11	0.05	0.16	0.03	0.18	0.06	0.08	0.10
HSTD	KOL	0.06	0.03	0.11	0.05	0.13	0.06	0.11	0.04	0.00	0.03
AREA	ENT	0.46	0.15	0.14	0.23	0.33	0.45	0.10	0.10	0.38	0.31
	VAR	0.43	0.13	0.12	0.21	0.29	0.40	0.10	0.09	0.29	0.22
	KOL	0.45	0.06	0.07	0.32	0.22	0.39	0.16	0.08	0.33	0.26
BVLA	ENT	0.26	0.16	0.16	0.08	0.44	0.26	0.31	0.21	0.23	0.32
	VAR	0.22	0.14	0.14	0.06	0.40	0.24	0.31	0.21	0.23	0.29
	KOL	0.24	0.22	0.04	0.24	0.26	0.24	0.21	0.11	0.14	0.42
BVLI	ENT	0.33	0.02	0.22	0.09	0.47	0.26	0.43	0.29	0.28	0.29
	VAR	0.33	0.01	0.17	0.08	0.42	0.26	0.44	0.28	0.24	0.27
	KOL	0.35	0.12	0.20	0.25	0.29	0.25	0.38	0.01	0.16	0.39
OACA	ENT	0.57	0.21	0.29	0.34	0.01	0.36	0.15	0.35	0.38	0.37
	VAR	0.55	0.16	0.27	0.34	0.23	0.35	0.16	0.34	0.38	0.32
	KOL	0.49	0.05	0.24	0.18	0.07	0.33	0.09	0.11	0.28	0.27
OACI	ENT	0.58	0.21	0.28	0.35	0.07	0.34	0.18	0.37	0.35	0.33
	VAR	0.56	0.16	0.27	0.35	0.09	0.33	0.20	0.35	0.37	0.28
	KOL	0.53	0.06	0.24	0.17	0.10	0.30	0.10	0.13	0.24	0.22
DISP	ENT	0.05	0.18	0.15	0.03	0.26	0.15	0.28	0.12	0.04	0.27
	VAR	0.05	0.14	0.13	0.04	0.25	0.12	0.31	0.12	0.03	0.24
	KOL	0.09	0.03	0.19	0.02	0.16	0.17	0.12	0.22	0.02	0.41
BVLC	ENT	0.15	0.17	0.15	0.02	0.17	0.08	0.36	0.02	0.19	0.20
	VAR	0.12	0.15	0.12	0.02	0.18	0.05	0.37	0.03	0.15	0.20
	KOL	0.13	0.32	0.22	0.01	0.01	0.06	0.36	0.22	0.10	0.28

Below the PDB I.d.s of the protein pairs studied are in order: the number of sequences in each alignment (as treated by the PredictProtein program), the relative frequency of secondary structures (%alpha-helix/%beta-strand) in each member of the protein pair (Note: for 1ulka/1ulkb, a 3₁₀-rich protein, and likewise 1ybib/1ybia and 1ye3/1n8ka the 3₁₀ content is added in parentheses), the molecular weight of the protein, the CATH class (SCOP classes are not as useful, since the SSE data already alludes to this kind of classification) and a key to the numbers of the corresponding figures. The correlation data for each protein (pair) for each type of analysis completes the table. For HST/HSTD, only data for KOL are shown.