Table 5. Some predicted novel miRNA.
| Index | miR_name | len | SS | R-NE | P-NE |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | PC-5p-69112_10 | 21 | . . .(((..(((((((((..((((((((((((((((.((((..(. . . .)..)))).))))))))))))))))..)))))))))..))). . . | 7.73 | 29.07 |
| 2–1 | PC-5p-21385_42 | 22 | . . .(((((((((((.((((((..(((((((((((((.((((. . . .)))))))))))))))))..)))))).)))))))).))). . . | 7.74 | 13.96 |
| 2–2 | PC-5p-21385_42 | 22 | . . .((((((((((..(. . .(((..((((..((.(((.(((((((((.((((((..((((((. . . .. . . .. . . .))))))..)))))).))))))))).))))). . .))))..))). . .)..)))))). . . .)))). . . | 7.74 | 13.96 |
| 3 | PC-5p-104298_5 | 22 | . . .(((((. . .. . .(((((((.((((((((((((((..(((((((..((((((. . .. . .)))))).)))))))..)))))))))))))).))))))). . .. . .))))).. | 2.58 | 15.12 |
| 4–1 | PC-5p-21767_42 | 22 | . . .(((((((((((((((((((((.((((((((((((((. . .((((. . . ..))))..)))))))))))))).))))))))))))))))))))). . . | 12.47 | 18.61 |
| 4–2 | PC-5p-21767_42 | 22 | . . .((((((.((((((..(((((((((((((((((((((((((((. . . .. . . .)))))))))))))))))))))))))))..)))))).)))))). . . | 12.47 | 18.61 |
| 5–1 | PC-5p-32617_26 | 22 | . . .(..((((.(((((..((.(((((.((((((((((((..((. . .. . .))..)))))))))))).))))).))..))))).))))..). . . | 5.16 | 12.79 |
| 5–2 | PC-5p-32617_26 | 22 | . . .((((((.(((((((.((((((..(((..((((((((((((((((.((. . . .. . . .))))))))))))))))))..)))..)))))).))))))))))))). . . | 5.16 | 12.79 |
| 6 | PC-3p-22067_41 | 19 | . . .((((((((. . . .(((.((((. . .((((((. . . .. . .. . ..))))))..)))).)))..)))))))). . . | 22.36 | 17.44 |
| 7 | PC-3p-61234_13 | 23 | . . .(((..(((((((((((((((((.((((. . . .((((((. . . .)))))). . . .)))).))))))))))))))))). . . ..))). . . | 1.72 | 12.79 |
| 8 | PC-5p-63323_12 | 19 | . . .((((((((. . .((((((.((((((((. . . .. . . ..(((((((. . . .))))))))).))))..)).)))))))))))))). . . | 10.32 | 19.77 |
| 9 | PC-3p-25064_36 | 23 | . . .(..((.((.((.((((((((((((.(((.((((.(((((((. . .((. . . ..)). . .))))))).))))))).))))))). . . .. . . .))))).)))).))..).. | 36.11 | 1.16 |
| 10 | PC-3p-99692_7 | 19 | ..((((((((. . .((((.(((.(((..((. . . ..)))))))).)))). . .)))))))).. | 11.18 | 2.33 |
| 11 | PC-5p-39354_23 | 19 | . . .(((((((.((. . .. . .(((.(((((.((((((..(((((. . . .)))))..)).)))).))))).))). . .)).)))).))). . . | 11.18 | 13.96 |
| 12 | PC-5p-60249_14 | 19 | . . .((.((((((((((((.((. . . .((. . .((.(((((((. . .(((. . .(((. . .. . ..))). . .)))..))))))))). . .))..)))))).)))))))).)). . . | 10.32 | 2.33 |
| 13 | PC-5p-20958_45 | 22 | . . .(((.(((((((((((((.(((((((((((((((((((((((. . .((. . .. . ..))..))))))))))))))))))))))).)))))))))))))..))). . . | 28.38 | 17.44 |
| 14 | PC-5p-26648_38 | 19 | . . .(((((. . . .(((((((..((((((. . .. . ..)).)))). . .)))))))))))). . . | 45.57 | 9.30 |
| 15 | PC-3p-76502_8 | 22 | . . .((((.(((..((((((((.((((((((((.((((. . . .. . . .. . . .. . . .. . . .)))).)))))))))).))))))))..))).)))). . . | 17.19 | 31.40 |
| 16 | PC-5p-6424_145 | 19 | . . .(((((((((.((((((((..((((((. . . .. . . .. . .. . ..)))))). . . .)))))))).))))))))). . . | 196.05 | 37.21 |
| 17 | PC-5p-31071_29 | 23 | ..(((((((.((.(((((((((((((((. . .. . .((((. . . .. . . .))))))))))))))))))).)).))))))).. | 13.76 | 17.44 |
| 18 | PC-5p-29935_32 | 19 | . . .(((((.(((((((. . .(((.((((((((. . . .. . .. . .)))))))).)))..))))..))).))))). . . | 7.74 | 39.54 |
| 19 | PC-3p-65381_11 | 21 | .(((((((((((((.((((((((.((.(((((((((((. . . .. . .. . ..))))))))))).))..)))))))).))))))))))))). | 13.76 | 8.14 |
| 20 | PC-3p-42375_19 | 22 | ((.(((((((((.(((..(((((((.((. . .((((. . .)))))).)))))))..)))))))).)))).)) | 10.32 | 10.47 |
| 21 | PC-3p-36269_24 | 20 | . . .((((((((((((((.(((. . . ..(((((. . .(((((((. . .)))))))))))). . .))).))))))))).))))). . . | 24.08 | 2.33 |
| 22 | PC-5p-35677_26 | 19 | ((.(((((.(((((((((.((((((..(((..((. . .((((.((((((. . . .. . . .))))))))))))..)))..)))))).))))))))).))))).)) | 53.31 | 11.63 |
| 23 | PC-5p-2673_284 | 23 | .((. . .. . ..)).((((((((((. . . ..(((((.((((((. . . .(((. . .(..((((. . . .. . . .))))..). . .))). . .)))))).)))))..)))))))))). . . | 3335 | 1146 |
| 24 | PC-5p-10782_91 | 18 | . . .((((((((((..((((((. . .((((..(.((. . . .)))..).)))))))))..))).)). . .))))). . . | 65.35 | 25.58 |
| 25 | PC-5p-196062_4 | 24 | . . . .. . . .. . . .. . .. . ..(((((..((((((. . .(((..(((((((..(((. . . .)))..)))))))))).))))))..))))). . . | 5.16 | 12.79 |
| 26 | PC-3p-26002_37 | 21 | . . .((((((((((((. . . .. . .. . .(((((((((.(((((. . . ..((. . . .(((. . .(((((((((. . .. . .)))..)))))). . .)))..))..))))).)))))..))))))))))..)))))). . . | 122.1 | 106.9 |
| 27 | PC-5p-66825_11 | 22 | . . .(((((.(((..(((..((((..((((.((((((((.(((. . .. . .))))))))))).))))))))..)))..))).))))). . . | 0 | 20.93 |
| 28 | PC-5p-5933_158 | 18 | . . . .. . . ..((((((. . .((((((..(((..(((.(((((.(((((.(..(.(. . . ..))..)))))).))))))))..)))..)))))). . .)))))). . . | 164.23 | 13.96 |
| 29 | PC-3p-61660_13 | 19 | ((.(((((. . .. . ..((((((. . . .(((.((..(..((. . . .((. . . .(((..((. . . ..))..))).))))..)..)).)))))))))..))))))). | 17.20 | 8.14 |
| 30 | PC-5p-335_2818 | 22 | . . .((((((((((.((((((((((..((. . . .. . . .))))))))))))..)))))))))). . . | 1831 | 2087 |
| 31 | PC-5p-72586_9 | 22 | . . .(((((((.(((..((((((((..(. . .)..))))))))..)))))))))). . . | 2.58 | 11.63 |
| 32 | PC-3p-16127_59 | 20 | . . .(((((((((((..((. . .((((. . .((((((((. . . .. . . ..)))))))). . .))))..))..))))))))))). . . | 45.57 | 12.79 |
| 33 | PC-5p-20799_45 | 24 | . . .(((.((.((((..(((((..(((((..((.(((((((((. . . .)).))))))))). . . .)))))..))))). . .. . .)))).)).))). . . | 75.67 | 2.33 |
Note: Len represented the bases number of miRNA. SS represented secondary structure of predicted hairpin RNA (pre-miRNA) structures that were predicted with RNAfold software (http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi). R-NE represented the normalized expression level of miRNAs in the small RNA library generated from receptive endometrium of Xinong Saanen dairy goats. P-NE represented the normalized expression level of miRNAs in the small RNA library generated from pre-receptive endometrium of Xinong Saanen dairy goats.