Table 3. Top 20 most strongly correlated pairs of Gag-PR positions.

Gag Position	PR Position	Gag Protein	Protease PI-associationb	MI	Pxy	Pxy 0	Px	Py
431	82	NC/p1 CS	Yes	0.085	0.098	0.032	0.158	0.200
431	46	NC/p1 CS	Yes	0.071	0.085	0.027	0.158	0.170
431	10	NC/p1 CS	Yes	0.063	0.106	0.045	0.158	0.282
8	57	MA	No	0.058	0.023	0.002	0.024	0.086
264	76	CA	Yes	0.056	0.012	0.000	0.013	0.014
486	37	p6	No	0.055	0.076	0.029	0.094	0.309
159	37	CA	No	0.053	0.163	0.093	0.300	0.309
443	35	p1	Yes	0.048	0.030	0.006	0.030	0.204
465	76	p6	Yes	0.046	0.012	0.000	0.020	0.014
375	37	p2/NC CS	No	0.046	0.163	0.097	0.313	0.309
119	37	MA	No	0.045	0.070	0.029	0.092	0.309
326	57	CA	No	0.044	0.038	0.008	0.088	0.086
65	43	MA	Yes	0.044	0.021	0.002	0.058	0.030
163	72	CA	Yes	0.044	0.037	0.008	0.052	0.157
453	36	p1/p6 CS	Yes	0.044	0.075	0.029	0.149	0.195
182	16	CA	No	0.044	0.018	0.001	0.050	0.023
486	24	p6	Yes	0.043	0.022	0.003	0.094	0.027
456	24	p6	Yes	0.043	0.027	0.005	0.194	0.027
410	20	NC	Yes	0.042	0.018	0.002	0.018	0.087
431	93	NC/p1 CS	Yes	0.042	0.104	0.053	0.158	0.334

^aPI-association of protease positions determined in literature [1,4,6].