Table 3.

Empirical Type I error rate (for a = 1) and power (for a > 1) for various tests. There are k₁ = 100 causal SNPs with ORj ~ U(1, a) and all other k – k₁ SNPs with ORj = 1. The highest power is in boldface.

		k = 2000 SNPs				k = 5000 SNPs
Test	PT	a = 1	1.1	1.15	1.2	1	1.1	1.15	1.2
PRS	.01	0.052	0.064	0.114	0.369	0.038	0.060	0.078	0.209
	.05/.025	0.049	0.063	0.155	0.449	0.045	0.050	0.092	0.240
	.1/.05	0.048	0.066	0.146	0.502	0.038	0.060	0.090	0.240
	.2/.1	0.050	0.088	0.191	0.511	0.056	0.062	0.103	0.261
	.3/.15	0.052	0.091	0.202	0.533	0.050	0.069	0.100	0.259
tSSU	.01/.005	0.042	0.159	0.455	0.875	0.038	0.097	0.268	0.653
	.05/.01	0.055	0.201	0.487	0.883	0.052	0.109	0.276	0.623
	.1/.05	0.048	0.199	0.501	0.867	0.054	0.125	0.310	0.597
	.2/.1	0.054	0.189	0.492	0.858	0.052	0.127	0.313	0.586
	.3/.2	0.051	0.193	0.501	0.854	0.056	0.132	0.307	0.586
atSSU		0.054	0.213	0.550	0.920	0.061	0.131	0.349	0.686
SPU(1)		0.050	0.277	0.503	0.716	0.047	0.128	0.236	0.365
SPU(2)		0.048	0.200	0.524	0.876	0.052	0.136	0.321	0.597
SPU(3)		0.048	0.285	0.647	0.936	0.050	0.137	0.340	0.709
SPU(4)		0.051	0.218	0.594	0.942	0.056	0.145	0.378	0.756
SPU(5)		0.052	0.214	0.565	0.934	0.042	0.108	0.348	0.750
SPU(6)		0.046	0.171	0.512	0.896	0.044	0.117	0.344	0.733
SPU(∞)		0.048	0.098	0.227	0.514	0.044	0.087	0.181	0.370
aSPU		0.059	0.287	0.674	0.969	0.045	0.152	0.435	0.795