Table 4.

Empirical Type I error rate (for a = 1) and power (for a > 1) for various tests. There are k₁ = 100 causal SNPs with ORj ~ U(1, a) and all other k – k₁ SNPs with OR_j = 1. The highest power is in boldface.

		k = 10000 SNPs				k = 20000 SNPs
Test	PT	a = 1	1.15	1.2	1.25	1	1.2	1.25	1.3
PRS	.001	0.038	0.068	0.135	0.315	0.057	0.083	0.196	0.532
	.005	0.058	0.057	0.140	0.328	0.046	0.073	0.206	0.538
	.01	0.055	0.058	0.127	0.352	0.053	0.097	0.203	0.497
	.025	0.055	0.070	0.160	0.337	0.055	0.089	0.193	0.453
	.05	0.051	0.075	0.149	0.338	0.050	0.099	0.186	0.434
	.1	0.060	0.079	0.154	0.304	0.055	0.105	0.182	0.396
tSSU	.001	0.063	0.154	0.436	0.841	0.057	0.288	0.685	0.958
	.005	0.057	0.170	0.439	0.831	0.050	0.289	0.636	0.883
	.01	0.052	0.181	0.442	0.781	0.046	0.292	0.569	0.833
	.025	0.053	0.188	0.436	0.716	0.055	0.246	0.497	0.763
	.05	0.059	0.189	0.409	0.670	0.063	0.241	0.465	0.690
	.1	0.055	0.194	0.382	0.629	0.059	0.223	0.434	0.637
atSSU		0.065	0.229	0.515	0.880	0.061	0.334	0.686	0.940
SPU(1)		0.059	0.159	0.190	0.278	0.047	0.129	0.148	0.215
SPU(2)		0.049	0.181	0.377	0.637	0.053	0.240	0.418	0.626
SPU(3)		0.051	0.189	0.432	0.756	0.055	0.245	0.500	0.774
SPU(4)		0.059	0.245	0.581	0.880	0.058	0.361	0.714	0.939
SPU(5)		0.055	0.213	0.555	0.893	0.035	0.358	0.746	0.954
SPU(6)		0.054	0.244	0.600	0.911	0.047	0.417	0.819	0.980
SPU(oo)		0.053	0.122	0.305	0.628	0.063	0.234	0.533	0.853
aSPU		0.056	0.268	0.609	0.926	0.062	0.423	0.822	0.979