Skip to main content
. 2014 Feb 4;12(1):52–56. doi: 10.1016/j.gpb.2014.01.002

Table 2.

Running time of Meta-QC-Chain and Prinseq on the three datasets

Dataset Meta-QC-Chain
 Prinseq
Technical tests Read quality trimming Contamination screening Total Total
R1 1 min 02 s 8 min 33 s 1 min 53 s 11 min 28 s 50 min 43 s
R2 1 min 37 s 14 min 07 s 4 min 04 s 19 min 48 s 76 min 03 s
S1 2 min 38 s 4 min 19 s 10 min 14 s 17 min 01 s 64 min 48 s

Note: R1 and R2 are the two metagenomic datasets generated from human saliva sequenced in-house, whereas S1 is a simulated dataset for test.