Table 1. Primer specificity.
| Strain | Reaction with the following primers | |||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| s-Event-F/R | s-Ehal-F/R | s-Ceut-F/R | s-Eeli-F/R | s-Erec-F/R | s-Eram-F/R | g-Blau-F/R | s-Csym-F/R | s-Fsac-F/R | s-Casp-F/R | s-Chath-F/R | sg-Cind-F/R | s-Rgna-F/R | s-Acac-F/R | s-Rint-F/R | s-Ccom-F/R | s-Cnex-F/R | g-Dor-F/R | s-Csci-F/R | s-Chyl-F/R | s-Rtor-F/R | s-Rlac-F/R | |||
| Clostridium coccoides group | ||||||||||||||||||||||||
| Eubacterium ventriosum | ATCC 27560T | + | - | - | - | - | - | ± | ± | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Eubacterium hallii | DSM 3353T | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Coprococcus eutactus | ATCC 27759T | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Eubacterium eligens | DSM 3376T | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Eubacterium rectale | ATCC 33656T | - | - | - | - | + | - | - | ± | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Eubacterium ramulus | ATCC 29099T | - | - | - | - | - | + | - | ± | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Blautia hydrogenotrophica | DSM 10507T | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Blautia luti | DSM 14534T | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Ruminococcus obeum | ATCC 29174T | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Blautia schinkii | DSM 10518T | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Blautia hansenii | ATCC 27752T | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Blautia producta | JCM 1471T | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Blautia coccoides | JCM 1395T | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Clostridium symbiosum | JCM 1297T | - | - | - | - | - | - | ± | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Fusicatenibacter saccharivorans | JCM 18507T | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Clostridium asparagiforme | DSM 15981T | - | - | - | - | - | - | - | ± | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Clostridium hathewayi | DSM 13479T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Clostridium indolis | JCM 1380T | - | - | - | - | - | - | - | ± | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Clostridium celerecrescens | DSM 5628T | - | - | - | - | - | - | ± | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Clostridium sphenoides | JCM 1415T | - | - | - | - | - | - | ± | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Ruminococcus gnavus | ATCC 29149T | - | - | - | - | - | - | - | ± | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Anaerostipes caccae | DSM 14662T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ± | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Roseburia intestinalis | DSM 14610T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | - | |
| Coprococcus comes | ATCC 27758T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | - | - | |
| Clostridium nexile | ATCC 27757T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | ± | - | - | - | + | - | - | - | - | - | |
| Dorea formicigenerans | DSM 3992T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | - | |
| Clostridium scindens | JCM 6567T | - | - | - | - | - | - | ± | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - | - | - | |
| Clostridium hylemonae | DSM 15053T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - | - | |
| Ruminococcus torques | ATCC 17756T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + | - | |
| Ruminococcus lactaris | ATCC 19176T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | + | |
| Clostridium oroticum | JCM 1429T | - | - | - | - | - | - | ± | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Other groups | ||||||||||||||||||||||||
| Faecalibacterium prausnitzii | ATCC 27768T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Bacteroides vulgatus | JCM 5824T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Bifidobacterium longum | ATCC 15707T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Collinsella aerofaciens | ATCC 25986T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Prevotella melaninogenica | ATCC 25845T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Clostridium perfringens | JCM 1290T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Lactobacillus acidophilus | ATCC 4356T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Escherichia coli | ATCC 11775T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Enterococcus faecalis | ATCC 19433T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Staphylococcus aureus | ATCC 12600T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Clostridium difficile | DSM 1296T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |
| Campylobacter jejuni | ATCC 33560T | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | |