Table 2.
Heifer-calf pair | Samplea | Tetracycline resistance gene | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
tet(A) | tet(M) | tet(O) | tet(Q) | tet(W) | tet(X) | tet(Y) | ||
Pair 1 | Heifer 1 − t0* | − | − | + | + | + | − | − |
Heifer 1 – t1* | − | − | + | + | + | − | − | |
Heifer 1 – t2* | − | − | + | + | + | − | − | |
Heifer 1 – t3* | − | − | + | + | + | − | − | |
Calf 1 – t1* | − | + | + | + | + | − | − | |
Calf 1 – t2* | − | − | + | + | + | + | − | |
Pair 2 | Heifer 2 − t0 | − | − | + | + | + | − | − |
Heifer 2 – t2 | − | − | + | − | + | − | − | |
Heifer 2 – t3 | − | − | + | + | + | − | − | |
Calf 2 – t0 | − | + | + | − | + | + | + | |
Calf 2 – t1 | + | − | + | + | + | − | − | |
Calf 2 – t2 | − | − | − | + | + | − | − | |
Pair 3 | Heifer 3 − t0 | − | − | + | + | + | − | − |
Heifer 3 – t1 | − | − | + | + | + | + | − | |
Heifer 3 – t2 | − | − | + | − | + | − | − | |
Heifer 3 – t3 | − | − | + | − | + | − | − | |
Calf 3 – t1 | − | − | + | + | + | − | − | |
Calf 3 – t2 | − | + | + | + | + | + | + | |
Pair 4 | Heifer 4 − t0* | − | − | + | + | + | − | − |
Heifer 4 – t1* | − | − | + | + | + | − | − | |
Heifer 4 – t2* | + | + | + | + | + | − | − | |
Heifer 4 – t3* | − | − | − | + | + | − | − | |
Calf 4 – t1* | − | + | + | + | + | − | − | |
Calf 4 – t2* | − | − | + | + | + | + | − | |
Pair 5 | Heifer 5 − t0 | + | − | + | + | + | − | − |
Heifer 5 – t1 | − | − | + | + | + | + | − | |
Heifer 5 – t2 | − | − | + | + | + | + | − | |
Heifer 5 – t3 | − | − | + | + | + | + | − | |
Calf 5 – t0 | − | + | + | − | + | − | + | |
Calf 5 – t2 | − | − | + | + | + | − | − | |
Pair 6 | Heifer 6 − t0* | + | − | + | + | + | − | − |
Heifer 6 – t1* | − | − | + | + | + | − | − | |
Heifer 6 – t2* | − | − | + | + | + | − | − | |
Heifer 6 – t3* | − | − | + | − | + | − | − | |
Calf 6 – t1* | − | + | + | + | + | + | − | |
Calf 6 – t2* | − | − | + | + | + | + | − | |
Pair 7 | Heifer 7 - t0* | − | − | + | + | + | − | − |
Heifer 7 – t1* | − | − | + | + | + | − | − | |
Heifer 7 – t2* | − | − | + | − | + | − | − | |
Heifer 7 – t3* | − | − | + | + | + | − | − | |
Calf 7 – t0 | − | − | + | − | + | − | − | |
Calf 7 – t1* | − | + | + | + | + | − | − | |
Calf 7 – t2* | − | − | + | + | + | − | − | |
Pair 8 | Heifer 8 - t0* | − | − | + | + | + | − | − |
Heifer 8 − t1* | − | − | + | + | + | − | − | |
Heifer 8 – t2* | + | − | + | + | + | − | − | |
Heifer 8 – t3* | − | − | + | + | + | − | − | |
Calf 8 – t1* | − | − | + | + | + | − | − | |
Calf 8 – t2* | − | − | + | + | + | + | − | |
Pair 9 | Heifer 9 – t1 | − | − | + | − | + | − | − |
Heifer 9 – t2 | − | − | + | + | + | + | + | |
Heifer 9 – t3 | − | − | + | + | + | + | − | |
Calf 9 – t1 | − | − | + | + | + | − | − | |
Calf 9 – t2 | + | − | + | + | + | + | + | |
Pair 10 | Heifer 10 – t0* | − | − | + | + | + | + | + |
Heifer 10 – t1* | − | − | + | + | + | + | − | |
Heifer 10 – t2* | − | − | + | + | + | − | + | |
Heifer 10 – t3* | − | − | + | + | + | − | − | |
Calf 10 – t1* | + | + | + | + | + | − | − | |
Calf 10 – t2* | − | − | + | + | + | + | − | |
Pair 11 | Heifer 11 – t0 | − | − | + | + | + | − | + |
Heifer 11 – t1 | − | − | + | + | + | − | − | |
Heifer 11 – t2 | − | − | + | + | + | − | − | |
Heifer 11 – t3 | − | − | + | + | + | − | − | |
Calf 11 – t1 | + | + | + | + | + | − | − | |
Calf 11 – t2 | − | − | + | + | + | + | − | |
Pair 12 | Heifer 12 − t0 | − | − | + | + | + | + | − |
Heifer 12 – t1 | − | − | + | + | + | − | − | |
Heifer 12 – t2 | − | − | + | − | + | − | − | |
Calf 12 – t1 | − | − | + | + | + | − | − | |
Calf 12 – t2 | − | − | + | + | + | + | − |
Heifer − t0, heifer 4 months before calving; Heifer − t1, heifer after calving, just prior to CTC application; Heifer − t2, heifer 2d after CTC application; Heifer − t3, heifer 8d after CTC application; Calf − t0, calf within 1 d after the birth (meconium); Calf − t1, calf 1−2 weeks after the birth; Calf − t2, calf 1−2 months after the birth.
Samples monitored also with qPCR.