Table 4.
Unique fragmentation pattern (5′-3′) generated by in silico digestion of common genes present in Clostridium strains: Tru9I
| Organism | Strain | mutS | grpE |
|---|---|---|---|
| C. beijerinckii | NCIMB 8052 | ·57·370·82·29·21·70·119·148·63·159·161·133·81·32·25·17·129·79·12·11·60·7·155·37·32·102·52·77·24·67·146·229·11· | ·227·6·83·288· |
| C. botulinum | 657 | ·43·42·226·62·139·50·70·48·282·30·290·76·57·101·115·17·52·23·55·39·21·54·75·83·93·9·13·167·322·135·9· | – |
| Hall | ·43·42·288·139·50·70·48·282·30·290·76·57·101·115·17·52·23·55·12·27·21·54·75·83·93·9·13·167·206·116·135·9· | – | |
| H04402 065 | ·43·45·235·65·145·53·73·48·294·33·302·79·60·104·121·17·55·23·58·12·51·57·78·86·96·9·13·176·334·141·15· | ·27·73·150·179· | |
| BKT015925 | ·25·27·41·93·178·29·21·69·49·48·23·211·122·199·125·7·18·63·138·14·10·65·55·189·35·13·78·20·30·22·6·42·204·65·85·84·144· | ·29·20·174·181·33·21·8·30·96· | |
| Kyoto | ·43·42·226·62·139·50·70·48·228·54·30·290·76·57·101·115·17·52·23·55·12·27·21·54·75·83·93·9·13·167·322·135·9· | – | |
| Eklund 17B | ·55·30·48·206·82·21·8·21·27·43·120·237·77·4·26·79·62·45·133·8·124·23·13·51·24·11·30·24·55·12·26·22·23·31·168·32·37·65·49·80·9·15·67·234·135·9· | ·120·81·15·87·234·46· | |
| Alaska E43 | ·135·234·67·15·9·129·65·37·32·168·31·23·22·26·12·55·24·30·11·24·51·13·23·124·8·133·45·62·79·26·4·77·237·120·43·27·21·8·21·82·117·86·133·59·7·64· | ·123·81·15·87·234·46· | |
| C.cellulovorans | 743B | – | ·56·34·22·12·197·131·11·132· |
| C.ljungdahlii | DSM 13528 | ·123·139·110·210·211·174·147·75·56·81·52·153·78·12·177·362·159·15·133·156·9· | ·31·164·21·43·57·44·103·20·157·13· |
| C. novyi | NT | ·80·211·23·19·21·50·33·45·48·150·27·90·31·35·226·50·75·219·156·156·24·48·48·70·50·262·89·4·27·12·55· | ·13·16·20·388·21·108· |
| C. perfringens | ATCC 13124 | ·210·62·15·51·39·7·24·32·57·139·20·6·22·14·13·80·9·96·57·15·16·20·81·13·120·198·185·147·72·48·39·81·151·63·36·134·40·17·8· | – |
| 13 | ·210·62·15·51·39·7·24·32·57·36·103·20·6·22·14·13·80·9·96·57·15·16·20·81·13·120·107·91·185·147·72·48·39·52·29·151·63·36·95·36·40·17·8· | ·70·87·15·41·22·44·91·11· | |
| SM 101 | ·289·210·62·15·51·39·7·24·32·57·36·103·20·6·22·14·13·80·9·96·57·15·16·20·81·13·120·107·91·185·147·72·48·39·81·151·63·170·40·17·8· | – | |
| C. tetani | 12124569 | ·78·24·41·73·33·60·162·120·99·24·99·105·21·51·306·18·14·43·60·128·316·27·44·24·78·19·63·123·84·18· | ·13·45·132·34·69·87·15·42·12·93· |
| E88 | ·78·24·41·73·33·60·162·120·99·24·204·21·51·15·291·18·14·43·60·128·34·282·27·44·24·78·19·18·45·123·84·18· | ·13·45·120·12·34·69·102·54·93· |
Symbol (·) RE site in the gene sequences