Table 3.
Nonsynonymous substitutions of pTert in 24 PL mice
| Substituted position | SC-LL | SC-inbred | CH-RAN | CH-MK | CH-wild | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Nucleotide | Amino acid | Motif namea | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 1 | 2 | 1 | 2 | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 |
| 182 G/A | Gly61Asp | Motif GQ | + | + | + | |||||||||||||||||||||
| 182 A/A | Motif GQ | + | + | + | + | |||||||||||||||||||||
| 695 G/A | *Arg232Gln | + | + | + | ||||||||||||||||||||||
| 695 A/A | + | |||||||||||||||||||||||||
| 733–734 AA/CT | *Lys245Leu | + | + | + | + | + | + | + | + | + | ||||||||||||||||
| 799 A/G | Thr267Ala | + | + | |||||||||||||||||||||||
| 962 A/G | Gln321Arg | + | + | + | ||||||||||||||||||||||
| 1115 G/A | Gly372Asp | + | ||||||||||||||||||||||||
| 1279 G/A | Ala427Thr | + | + | |||||||||||||||||||||||
| 1283 C/T | Ser428Leu | + | + | |||||||||||||||||||||||
| 1292 G/A | Ser431Asn | Motif QFP | + | |||||||||||||||||||||||
| 1541 A/G | Asn514Ser | + | + | |||||||||||||||||||||||
| 1652 G/G | *Thr551Arg | Motif T | + | |||||||||||||||||||||||
| 1690 C/T | *Arg564Cys | Motif T | + | |||||||||||||||||||||||
| 1757 A/G | Gln586Arg | + | + | + | + | + | + | + | + | |||||||||||||||||
| 1757 G/G | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | + | ||||||||||||||
| 1784 G/A | Arg595Gln | Motif 1 | + | |||||||||||||||||||||||
| 2065 C/A | Pro689Thr | Motif A | + | |||||||||||||||||||||||
| 2263 T/G | Ser755Ala | + | + | + | ||||||||||||||||||||||
| 2263 G/G | + | + | ||||||||||||||||||||||||
| 2317 G/T | Gly773Cys | + | ||||||||||||||||||||||||
| 2338 G/A | *Val780Ile | + | + | + | + | + | + | + | ||||||||||||||||||
| 2338 A/A | + | + | + | + | + | + | ||||||||||||||||||||
| 2681 T/C | Met894Thr | Motif D | + | + | + | + | + | + | + | |||||||||||||||||
| 2776 G/A | Asp926Asn | Motif E-1 | + | + | ||||||||||||||||||||||
| 2876 A/G | lys959Arg | Motif E-1 | + | + | + | |||||||||||||||||||||
| 3178 G/A | Ala1060Thr | Motif E-III | + | |||||||||||||||||||||||
| 3276 G/T | Gln1092His | + | + | |||||||||||||||||||||||
| TRF (kb) | 4 | 4.1 | 5.1 | 3.9 | 4.4 | 16.4 | 14.8 | 22.4 | 22 | 22 | 14.9 | 13.4 | 12.6 | 15.3 | 11.3 | 18.5 | 17 | 16.6 | 14.9 | 14.5 | 14.7 | 14.8 | 19.1 | 17.1 | ||
pTert sequence analysis were performed in a total of 24 PL mice: 5, 5, 2, 2, and 10 mice in SC-LL, SC-inbred, CH-RAN, CH-MK, and CH-wild groups, respectively.
Motifs which carried substituted amino acid residues.
These substitutions were occurred at the conserved residues among nine mammalian species. PL mice with substituted residues are marked with “+”. The last row of Table shows TRF lengths (kb) of individual PL mice.
For example, heterozygous and homozygous substitutions are shown like 182 G/A and 182 A/A, respectively.