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. 2015 Jun 18;53(7):2138–2147. doi: 10.1128/JCM.03507-14

TABLE 1.

Distribution of mixed infections in 61 SITs (n = 477 isolates) and 22 orphan isolates with corresponding genotypes defined by spoligotypinga

SIT Spoligotype description Octal no. Total no. (%) of isolates in this study % in study vs database No. (% in the SIT) of mixed infections in this study Clade
1 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■ 000000000003771 324 (64.93) 3.11 2 (0.62) Beijing
26 ■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■ 703777740003771 1 (0.2) 0.06 0 (0) CAS1-Delhi
37 ■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777737777760771 1 (0.2) 0.19 0 (0) T3
42 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777777607760771 1 (0.2) 0.03 0 (0) LAM9
44 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777777757760771 1 (0.2) 0.46 0 (0) T5
50 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ 777777777720771 3 (0.6) 0.08 0 (0) H3
52 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ 777777777760731 10 (2) 1.05 0 (0) T2
53 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777777777760771 13 (2.61) 0.2 0 (0) T1
54 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ 777777777763771 12 (2.4) 4.53 4 (33.33) Manu2
118 ■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777767777760771 1 (0.2) 0.61 0 (0) T1
154 ■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 757777777760771 1 (0.2) 0.88 0 (0) T1
159 ■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777740017760771 1 (0.2) 1.32 0 (0) Unknown
189 ■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777741777760771 1 (0.2) 7.69 0 (0) T1
190 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■□■■■ 000000000003731 4 (0.8) 2.17 0 (0) Beijing
191 □□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 177777777760771 1 (0.2) 4.76 0 (0) T1
196 ■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 677777777760771 1 (0.2) 1.2 0 (0) T1
250 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■ 000000000000371 1 (0.2) 2.63 0 (0) Beijing
265 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■□■■■■■■ 000000000003371 1 (0.2) 1.23 0 (0) Beijing
269 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■ 000000000000771 1 (0.2) 1.08 0 (0) Beijing
278 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■□■ 777777777760761 1 (0.2) 8.33 0 (0) T1
291 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777777677760771 1 (0.2) 1.11 0 (0) T1
294 ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■ 577777777720771 3 (0.6) 9.09 0 (0) H3
334 ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 577777777760771 18 (3.61) 16.22 0 (0) T1
393 ■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777757777760771 4 (0.8) 10 1 (25) T1
462 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■□□□□■■■■■■■ 777777777560771 1 (0.2) 1.72 0 (0) T1
511 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■ 777777700020771 2 (0.4) 4.26 0 (0) H3
583 ■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ 777737777763771 1 (0.2) 33.33 0 (0) Manu2
616 ■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■ 400000000003771 1 (0.2) 9.09 0 (0) Unknown
621 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□■■■■■■■ 000000000002771 3 (0.6) 8.33 0 (0) Beijing
632 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□■■■■■ 000000000003571 6 (1.2) 20.69 0 (0) Beijing
780 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□■■■■■■■ 777777777600771 1 (0.2) 7.14 0 (0) Unknown
796 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■ 000000000001771 1 (0.2) 9.09 0 (0) Beijing
803 ■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777740007760771 1 (0.2) 2.94 0 (0) LAM9
804 ■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 477777777760771 1 (0.2) 3.85 0 (0) T1
834 ■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■■■■■■■ 777767777740771 1 (0.2) 12.5 0 (0) T1
848 ■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ 737777777760731 1 (0.2) 3.23 0 (0) T2
1096 ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ 577777777763771 15 (3.01) 66.67 3 (20) Manu2
1122 ■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 767777777760771 1 (0.2) 1.67 0 (0) T1
1168 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■□□■■■ 000000000003631 1 (0.2) 14.29 0 (0) Beijing
1302 ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ 577777777760731 4 (0.8) 16.67 0 (0) T2
1451 ■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□ 777760000000000 1 (0.2) 7.14 0 (0) Unknown
1475 ■■■■■■■■■□■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 777357777760771 1 (0.2) 11.11 0 (0) T1
1578 ■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ 767777777760731 1 (0.2) 14.29 0 (0) T2
1674 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■□■ 000000000003761 1 (0.2) 14.29 0 (0) Beijing
1690 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■□■■■■■■■ 777777777762771 1 (0.2) 25 0 (0) Manu2
1890 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ 777777707760731 1 (0.2) 9.09 0 (0) T2
2276 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■■■■■■■■■ 777777777743771 2 (0.4) 50 1 (50) Unknown
2979 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■ 000000000000171 2 (0.4) 22.22 0 (0) Beijing
3199 ■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ 771777777760731 1 (0.2) 33.33 0 (0) T2
3233 ■■■□□□□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ 700377777760731 3 (0.6) 100 0 (0) T2
3234 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□■■■■■■ 777777777600371 2 (0.4) 50 0 (0) Unknown
3235 ■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□■■□□□□■■■□■■■ 607777760060731 2 (0.4) 100 0 (0) T2
3236 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□□□□□■■■ 000000000002031 1 (0.2) 50 0 (0) Beijing
3237 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□■■ 777777777400011 1 (0.2) 50 0 (0) Unknown
3238 ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□■■□□□□ 777777777740300 2 (0.4) 100 0 (0) T1
3239 ■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□■■■ 777760000000731 1 (0.2) 50 0 (0) Unknown
3240 ■■■■■■■■□□□■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ 776167777760731 1 (0.2) 50 0 (0) T2
3241 □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■□□□□□ 000000000003600 2 (0.4) 50 0 (0) Beijing
3309* ■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■□■■■■■ 777737777760571 1 (0.2) 20 0 (0) T2-Uganda
4011* □□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■ 000000200003771 2 (0.4) 100 0 (0) Unknown
4012* ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■■ 777777777703771 1 (0.2) 50 0 (0) Unknown
Orphan ■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□■□□□■■□□□□■■■■■■■■■ 777777704303771 1 (0.2) 100 0 (0) Unknown
Orphan ■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■ 600000000000011 1 (0.2) 100 0 (0) Mungi
Orphan ■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□■■■■■■■■□□□□■□■■■■■ 777740007760571 1 (0.2) 100 0 (0) LAM9
Orphan ■■□■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■□□□□■■■■■■■ 667777776360771 1 (0.2) 100 0 (0) T1
Orphan ■■■■■□■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■□□□□■■■■■■■ 767740003760771 1 (0.2) 100 0 (0) T1
Orphan ■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■□■□■■■ 777757777760531 1 (0.2) 100 0 (0) T2
Orphan ■□□■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ 477477777760731 1 (0.2) 100 0 (0) T2
Orphan ■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ 477777777763771 1 (0.2) 100 1 (100) Manu2
Orphan ■□■■■■■■□□□■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■ 576171777760731 1 (0.2) 100 0 (0) T2
Orphan □□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□□□□ 177777777760700 1 (0.2) 100 0 (0) T1
Orphan ■□■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ 577377777763771 1 (0.2) 100 0 (0) Manu2
Orphan □□■■□□□■□□■■□□■■■□□■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■■ 142316377703771 1 (0.2) 100 0 (0) Unknown
Orphan □□□□□□■■■□■■■■■■■■■■■□□□■■■■■■□□□□■■■■■■■■■ 007377707703771 1 (0.2) 100 0 (0) Unknown
Orphan ■□■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□□■■■■■■■■■ 577000000023771 1 (0.2) 100 0 (0) Manu2
Orphan □□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■□■■■■■ 000000000017571 1 (0.2) 100 0 (0) Unknown
Orphan ■■■■■■■■■■■■□□□□□□□■■□□□□□□□■■■■□□■■■■■■■■■ 777700300363771 1 (0.2) 100 0 (0) Manu2
Orphan □□■■■■■■■■■■□□□□□□□■■■■■□□□□□□□□□□■■■■■■■■■ 177700370003771 1 (0.2) 100 0 (0) Unknown
Orphan □□■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ 177767777763771 1 (0.2) 100 0 (0) Manu2
Orphan ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■□□■■■■■■■■■ 577777776363771 1 (0.2) 100 0 (0) Manu2
Orphan ■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■□□□□□■ 577777777760401 1 (0.2) 100 0 (0) T1
Orphan ■□□□□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ 401777777763771 1 (0.2) 100 0 (0) Manu2
Orphan ■□■■■■■■■■■□■□□□□□□□□□□□■■■■■■■■□□■■■■■■■■■ 577640007763771 1 (0.2) 100 0 (0) Manu2
a

SIT, spoligotype international shared type. A total of 58/61 SITs matched a preexisting shared type in the database, whereas 3/61 SITs were newly created either within the present study or after a match with an orphan in the database. A total of 22 SITs containing 438 isolates were clustered within this study (2 to 324 isolates per cluster), while 39 SIT plus 22 orphan (i.e., 61) isolates were unique. Note that SITs followed by an asterisk indicate a newly created shared type (n = 3 containing 4 isolates) due to ≥2 isolates belonging to an identical new pattern within this study or after a match with an orphan in the database. SIT 3309*—this study, n = 1; Colombia, n = 2; Ethiopia, n = 2. SIT 4011*—this study, n = 2. SIT 4012*—this study, n = 1; Brazil, n = 1.