Table 1. RMSE and variance for different linear combinations of methods.

Methods		Parameters		Median bootstrapped RMSE			Variance
A	B	α	β	All	Stabilizing	Destabilizing	A	B	Shared
ENCoM	FoldX	−1.12	0.38	1.24 ± 0.14	1.45 ± 0.39	1.40 ± 0.17	0.12	0.24	0.05
ENCoM	Rosetta	−1.14	0.46	1.32 ± 0.16	1.70 ± 0.41	1.43 ± 0.21	0.14	0.15	0.04
FoldX	DMutant	0.34	0.50	1.33 ± 0.15	1.42 ± 0.40	1.54 ± 0.20	0.14	0.06	0.15
FoldX	Eris	0.35	0.14	1.36 ± 0.18	1.61 ± 0.40	1.54 ± 0.26	0.16	0.01	0.12
FoldX	Rosetta	0.31	0.20	1.37 ± 0.17	1.67 ± 0.44	1.55 ± 0.23	0.10	0.00	0.18
DMutant	Rosetta	0.59	0.43	1.37 ± 0.16	1.60 ± 0.41	1.55 ± 0.24	0.10	0.07	0.11
ENCoM	Eris	−1.30	0.48	1.37 ± 0.20	1.63 ± 0.36	1.52 ± 0.35	0.16	0.12	0.01
DMutant	Eris	0.72	0.28	1.40 ± 0.19	1.48 ± 0.37	1.63 ± 0.36	0.14	0.06	0.06
Rosetta	Eris	0.41	0.15	1.43 ± 0.18	1.87 ± 0.41	1.56 ± 0.28	0.07	0.02	0.11
ENCoM	DMutant	−0.81	0.68	1.49 ± 0.17	1.40 ± 0.40	1.77 ± 0.21	0.03	0.07	0.14