Table 7.

Powers across six DNA methylation differential analysis methods using M values for correlated case

n	π 1	Power
		Rank test	t-test	KS test	Permutation	Empirical Bayes	Bump hunting BH	Bump hunting q-value
3	0.01	0	0.0025	0	0	0.0000	0.0422	0.0539
	0.05	0	0.0030	0	0	0.0000	0.0133	0.0166
	0.10	0	0.0027	0	0	0.0001	0.0116	0.0149
	0.25	0	0.0027	0	0	0.0002	0.0101	0.0132
	0.50	0	0.0031	0	0	0.0003	0.0100	0.0151
	0.75	0	0.0035	0	0	0.0004	0.0108	0.0196
	0.90	0	0.0038	0	0	0.0007	0.0115	0.0275
6	0.01	0.0000	0.0002	0.0000	0.0000	0.0000	0.0040	0.0043
	0.05	0.0000	0.0003	0.0000	0.0000	0.0001	0.0013	0.0015
	0.10	0.0000	0.0002	0.0000	0.0000	0.0001	0.0008	0.0009
	0.25	0.0000	0.0002	0.0000	0.0000	0.0002	0.0007	0.0009
	0.50	0.0000	0.0002	0.0000	0.0000	0.0002	0.0006	0.0011
	0.75	0.0000	0.0003	0.0000	0.0000	0.0003	0.0007	0.0518
	0.90	0.0001	0.0003	0.0001	0.0001	0.0004	0.0007	0.8306
12	0.01	0.0125	0.0002	0.0060	0.0000	0.0013	0.0012	0.0015
	0.05	0.0201	0.0002	0.0071	0.0000	0.0008	0.0014	0.0017
	0.10	0.0429	0.0002	0.0172	0.0625	0.0008	0.0016	0.0021
	0.25	0.1291	0.0004	0.0828	0.3775	0.0013	0.0032	0.0099
	0.50	0.2566	0.0005	0.1935	0.5593	0.0194	0.0214	0.4811
	0.75	0.3560	0.0008	0.3004	0.6525	0.2526	0.1901	0.9410
	0.90	0.3894	0.0016	0.3010	0.6904	0.3945	0.3202	0.9993
24	0.01	0.2000	0.0602	0.1955	0.0000	0.0779	0.1065	0.1111
	0.05	0.3824	0.1561	0.5173	0.6587	0.1322	0.3315	0.3579
	0.10	0.4851	0.3883	0.5719	0.8010	0.3327	0.5460	0.5907
	0.25	0.6233	0.7138	0.7358	0.8928	0.6846	0.7914	0.8661
	0.50	0.7215	0.8666	0.8637	0.9394	0.8597	0.8997	0.9904
	0.75	0.7762	0.9197	0.9422	0.9577	0.9179	0.9326	1.0000
	0.90	0.7948	0.9380	0.9431	0.9649	0.9366	0.9407	1.0000