Table 1. Inhibition of cruzain by dipeptidyl nitriles.

Compound a	P1 b	P2 b	P3 b	Configuration c	pKi d	Uncertainty e
5	1A	2A	3A	S	6.3	0.03
6	1A	2A	3A	R	5.2	0.17
7	1B	2A	3A	S	6.6	0.03
8	1C	2A	3A	S	5.5	0.02
9	1A	2B	3A	S	6.6	0.02
10	1A	2C	3A	S	6.7	0.02
11	1A	2D	3A	S	5.9	0.03
12	1A	2E	3A	S	6.4	0.07
13	1A	2F	3A	S	3.9	0.02
14	1A	2G	3A	N/A f	5.1	0.02
15	1A	2A	3B	S	5.4	0.04
16	1A	2A	3C	S	6.1	0.02
17	1A	2A	3D	S	6.3	0.06
18	1A	2A	3E	S	5.9	0.02
19	1A	2A	3F	S	5.8	0.04
20	1A	2A	3G	S	6.6	0.02
21	1A	2A	3H	S	7.2	0.03
22	1A	2A	3I	S	6.3	0.05
23	1A	2A	3J	S	5.9	0.03
24	1A	2A	3L	S	6.3	0.02
25	1A	2A	3K	S	5.6	0.03
26	1A	2B	3K	S	5.8	0.02
27	1A	2H	3K	S	5.9	0.02
28	1A	2B	3H	S	7.8	0.03
29	1A	2H	3H	S	7.2	0.02
30	1B	2H	3H	S	7.6	0.02
31	1B	2H	3K	S	6.2	0.02
32	1B	2I	3A	S	4.6	0.03
33	1B	2A	3I	S	6.4	0.02
34	1B	2A	3H	S	7.2	0.03
35	1B	2A	3F	S	6.3	0.03
36	1B	2J	3A	S	5.4	0.05
37	1B	2G	3A	N/A f	4.9	0.02

^a Structure number for compound

^b See Fig 2

^c Configuration of P2 amino acid

^d pK_i = log₁₀(K_i/M)

^e Uncertainty in pK_i

^f Not applicable