Table 1.

Primer pairs and conditions used in the PCR to detect H. pylori genes (ureA, cagA and 3’ variable region of the cagA gene that contains EPIYA sequences) and in qRT-PCR to genotype STAT3 rs744166 and to evaluate STAT3 mRNA expression

Gene	Primers (5’ – 3’)	PCR conditions	PCR Product (bp)	Reference
ureA	F: GCCAATGGTAAATTAGTT	95 °C - 5 min.; 34 cycles (94 °C 1 min., 45 °C - 1 min. and 72 °C - 1 min.) and 72 °C - 5 min.	411	34
	R: CTCCTTAATTGTTTTTAC
cagA	F:CTGCAAAAGATTGTTTGCGAGA	95 °C - 5 min, 34 cycles (95 °C 1 min, 50 °C-1 min and 72 °C-1 min) and 72 °C - 15 min	400	35
	R:AGACGGTTTGTTAGAAAACGTC
cagA	F:GATAACAGGCAAGCTTTTGAGG	95 °C - 5 min, 38 cycles (94 °C 1 min, 55 °C - 1 min and 72 °C - 2 min.) and 72 °C - 7 min.	349	36
	R:CTGCAAAAGATTGTTTGCGAGA
cagA 3’ variable region	F: ACCCTAGTCGGTAATGGGTTA	95 °C - 5 min, 35 cycles (95 °C 1 min, 50 °C-1 min and 72 °C-1 min.) and 72 °C - 7 min	500 - 850	37
	R: GTAATTGTCTAGTTTCGC
STAT3a Rs744166	CTGTTTGTTCTATAAATTACTGTCA[A/G]GCTCGATTCCCTCAAGACATTACAG	60 °C - 1 min., 95 °C - 10 min., 50 cycles (95 °C - 15 s., 50 °C - 90 s.) and 60 °C - 1 min.	70

Bp, base pairs; ^a, Applied Biosystem, HS00374280-m1