Table 2.

Summary of proteins located in some major subcellular locations in human and different animal species

	Referenceproteome	Totalproteins	Curatedsecreted	Predicted		Mito			Nuc		Plasmamem		Secr(%)
				HLS	LS	mem	non-mem	Cyt	mem	non-mem		Secr
Vertebrata (Actinopterygii)
Oryzias latipes	24 633	26 060	144	1805	649	141	1185	7330	162	8629	3580	1949	7.5
Xiphophorus maculatus	20 451	20 527	92	1476	510	73	959	5288	92	7237	3052	1568	7.6
Oreochromis niloticus	26 753	27 551	122	2179	638	148	1051	6971	149	9638	4078	2301	8.4
Gasterosteus aculeatus	27 248	28 110	114	1813	618	106	1418	8080	142	9443	3877	1927	6.9
Takifugu rubripes	47 856	49 090	261	2655	1028	172	1645	12 630	323	17 843	8443	2916	5.9
Tetraodon nigroviridis*	23 073	49 327	194	2700	1236	182	2248	13 333	337	16 961	5944	2894	5.9
Danio rerio*	41 054	55 414	372	4635	1189	282	2319	14 909	267	19 521	6866	5007	9.0
Vertebrata (Amphibia)
Xenopus tropicalis*	23 491	30 521	194	1926	656	169	1327	9674	168	10 086	4113	2120	6.9
X. laevis		16 011	269	1059	262	161	752	5124	109	5711	1636	1328	8.3
Vertebrata (Mammalia)
Glires
Oryctolagus cuniculus	21 150	22 788	334	1670	479	135	1222	5692	150	7241	3665	2004	8.8
Heterocephalus glaber	21 449	21 548	93	1266	513	90	1009	6343	103	6924	3266	1359	6.3
Cavia porcellus	19 911	20 378	236	1432	461	100	1016	5349	103	6410	3342	1668	8.2
Cricetulus griseus	23 884	24 442	109	1407	927	96	1170	7073	116	7114	2786	1516	6.2
Mus musculus*	43 539	74 158	1792	4350	1698	717	3443	20 456	714	23 226	9137	6142	8.3
Rattus norvegicus*	27 340	33 555	966	2211	637	476	1473	9153	411	10 094	5407	3177	9.5
Spermophilus tridecemlineatus	19 966	20 079	110	1437	429	83	937	5488	103	6603	3290	1547	7.7
Primates
Macaca fascicularis *	17 396	28 955	233	1912	928	359	1976	7639	121	8186	2970	2145	7.4
M. mulatta*	35 536	69 567	407	4554	1694	653	3719	18 667	326	23 502	7295	4961	7.1
Gorilla gorilla gorilla	27 286	27 371	212	1994	676	218	1480	6701	151	9481	3358	2206	8.1
Homo sapiens*	68 049	13 5661	2020	6682	3480	3737	17 623	34 825	877	34 274	10 607	8702	6.4
Pan troglodytes*	20 126	33 326	296	2241	820	447	1825	7966	137	11 618	4190	2537	7.6
Pongo abelii	22 785	24 529	237	1818	580	229	1457	6452	168	8228	2879	2055	8.4
Nomascus leucogenys	19 734	19 837	141	1489	518	114	1143	5053	99	6893	2457	1630	8.2
Callithrix jacchus*	42 025	55 085	244	3776	1280	195	2867	15 064	308	20 159	6178	4020	7.3
Otolemur garnettii	19 930	20 156	99	1515	480	93	1022	5226	96	6801	3099	1614	8.0
Carnivora
Canis familiaris	25 439	28 362	345	1813	595	385	1491	7040	170	9489	4047	2158	7.6
Mustela putorius furo		38 826	173	2017	984	137	2127	11 785	154	12 830	4073	2190	5.6
Neovison vison		16 237	18	750	356	66	839	5636	52	5233	1507	768	4.7
Ailuropoda melanoleuca*	21 136	35 743	247	2086	779	176	1746	9975	162	11 905	5133	2333	6.5
Felis catus	20 303	21 230	196	1406	483	108	1065	5831	107	6791	3091	1602	7.5
Cetartiodactyla
Bos mutus		18 922	150	1377	453	123	931	4911	85	5854	3159	1527	8.1
Bos taurus*	23 842	31 780	880	2215	620	508	1491	8171	317	9598	4492	3095	9.7
Sus scrofa*	26 054	33 962	645	2534	779	411	1560	9038	166	9463	4787	3179	9.4
Camelus ferus		20 028	67	1084	636	99	1132	5715	147	6257	2588	1151	5.7
Chiroptera
Pteropus alecto	19 520	19 548	97	1162	488	74	1160	5364	121	6774	2447	1259	6.4
Myotis brandtii		19 301	58	1032	432	90	938	5806	104	6427	2250	1090	5.6
M. davidii	15 446	15 466	67	916	345	60	782	4530	73	5194	1816	983	6.4
M. lucifugus	20 650	20 899	143	1738	431	100	1052	5716	96	6782	2855	1881	9.0
Other mammalia
Loxodonta africana	25 615	25 832	132	1744	556	128	1119	6554	129	8459	4835	1876	7.3
Equus caballus	22 676	27 841	272	1659	514	284	1042	8886	133	8701	3825	1931	6.9
Tupaia chinensis	20 824	20 851	85	1275	527	64	1149	5699	125	6701	3114	1360	6.5
Sarcophilus harrisii	22 388	22 565	107	1490	553	110	867	6368	102	7495	3495	1597	7.1
Monodelphis domestica	22 240	22 794	108	1505	485	84	1103	6398	106	7252	3930	1613	7.1
Ornithorhynchus anatinus	23 552	23 763	113	1202	698	103	1111	7229	95	7184	3157	1315	5.5
Vertebrata (Testudines + Archosauria group)
Anas platyrhynchos *	16 377	31 879	139	1360	893	123	1269	10 542	148	9829	3316	1499	4.7
Meleagris gallopavo	16 537	16 991	114	892	413	75	673	5622	83	5377	2073	1006	5.9
Gallus gallus*	17 623	23 800	440	1640	581	278	1231	6403	147	7077	3282	2080	8.7
Ficedula albicollis	15 922	16 148	64	985	390	57	778	4669	81	5208	2021	1049	6.5
Taeniopygia guttata	18 141	19 724	85	716	432	77	972	6749	72	6197	2211	801	4.1
Chelonia mydas		19 066	71	880	478	71	794	6031	97	6384	2194	951	5.0
Pelodiscus sinensis		20 784	126	1271	492	64	798	6724	92	6703	2683	1397	6.7
Other vertebrata
Petromyzon marinus		13 160	54	522	255	66	669	3945	34	3797	1239	576	4.4
Latimeria chalumnae	23 429	23 513	75	1270	593	87	993	8117	116	7349	2905	1345	5.7
Anolis carolinensis	19 109	19 562	81	1238	510	288	936	5727	89	6435	2478	1319	6.7
Invertebrate
Chordata (Tunicata)
Oikopleura dioica*	17 050	29 057	15	1864	1177	116	1493	10 785	92	8060	2540	1879	6.5
Ciona intestinalis	17 308	18 639	28	1507	601	95	738	6231	47	5014	1812	1535	8.2
C. savignyi	20 004	20 117	45	822	359	52	697	7792	55	5685	2535	867	4.3
Ecdysozoa (Arachnida)
Tetranychus urticae	18 082	18 243	12	1891	685	95	701	5986	59	3615	2219	1903	10.4
Ixodes ricinus		16 199	1	3554	819	136	848	3528	97	3649	1246	3555	21.9
I. scapularis	20 473	21 162	21	1943	762	103	1433	5706	95	5905	1681	1964	9.3
Rhipicephalus pulchellus		11 205	1	1620	459	60	962	2380	49	3424	1231	1621	14.5
Ecdysozoa (Insecta)
Drosophila mojavensis	14 525	15 086	21	2049	347	95	832	4302	74	4241	1700	2070	13.7
D. virilis	14 456	14 928	34	1941	354	84	770	4308	57	4323	1709	1975	13.2
D. erecta		15 116	44	2220	362	71	873	3918	59	4366	1721	2264	15.0
D. grimshawi	14 754	14 798	31	1861	362	62	773	4336	79	4195	1698	1892	12.8
D. ananassae	14 968	15 298	28	2139	349	64	791	4243	67	4503	1793	2167	14.2
D. melanogaster*	20 120	39 951	254	4761	923	269	2127	10 613	191	12 101	4659	5015	12.6
D. persimilis	16 754	16 861	28	2106	420	77	930	4846	68	5076	1701	2134	12.7
D. pseudoobscura pseudoobscura		17 047	48	2316	416	77	939	4632	71	5126	1950	2364	13.9
D. sechellia	16 134	16 361	37	2250	410	71	936	4464	54	4765	1734	2287	14.0
D. simulans	15 354	19 057	57	2372	436	100	1028	5483	56	5374	2165	2429	12.7
D. willistoni	15 447	15 564	25	1875	355	77	815	4808	60	4434	1722	1900	12.2
D. yakuba		17 257	41	2521	392	77	1006	4752	59	5024	1798	2562	14.8
Megaselia scalaris	11 463	11 503	10	773	417	31	449	4947	24	2402	639	783	6.8
Anopheles darlingi	10 447	11 686	8	793	272	93	758	3687	54	3971	1162	801	6.9
A. gambiae*	13 072	19 384	50	2610	410	87	1104	6027	57	4834	1869	2660	13.7
Aedes aegypti	16 654	17 683	54	2367	469	182	961	5052	56	4873	2008	2421	13.7
Culex quinquefasciatus	18 703	19 062	25	2345	534	128	1104	5751	73	5501	1866	2370	12.4
Dendroctonus ponderosae		23 650	14	1992	549	106	1153	8928	96	6087	2502	2006	8.5
Tribolium castaneum	16 502	17 074	26	1717	423	66	846	5830	50	4196	2109	1743	10.2
Apis mellifera	10 910	12 299	65	757	267	81	390	4440	45	3293	1714	822	6.7
Camponotus floridanus	14 787	14 801	15	662	329	45	744	5533	65	4078	1346	677	4.6
Acromyrmex echinatior	13 962	13 970	17	592	327	36	847	5226	62	4219	1253	609	4.4
Atta cephalotes	18 079	18 113	16	753	597	99	1094	6579	75	4715	1559	769	4.2
Solenopsis invicta	14 193	14 359	26	636	437	100	748	5413	31	3508	1120	662	4.6
Harpegnathos saltator	15 029	15 042	17	739	329	46	696	5484	60	4223	1299	756	5.0
Nasonia vitripennis	17 040	17 289	14	1545	305	65	701	6951	55	4883	1423	1559	9.0
Bombyx mori	14 767	17 915	125	1773	379	108	806	6293	54	4580	1681	1898	10.6
Danaus plexippus	16 253	16 358	34	1486	441	95	808	5657	66	4528	1493	1520	9.3
Pararge aegeria		15 104	12	428	561	75	850	5983	14	3763	503	440	2.9
Rhodnius prolixus	15 180	16 639	44	1420	537	41	562	6782	62	3769	1473	1464	8.8
Acyrthosiphon pisum	35 809	35 211	24	1834	814	102	1736	15 209	66	8622	1736	1858	5.3
Pediculus humanus subsp. corporis		10 847	11	513	257	37	349	4294	40	3174	1193	524	4.8
Ecdysozoa (Nematoda)
Ascaris suum*	9213	18 539	39	1223	577	107	1302	5894	75	4965	2437	1262	6.8
Pristionchus pacificus	29 079	29 319	14	3027	1038	75	1368	9699	94	7157	3263	3041	10.4
Caenorhabditis brenneri	29 982	30 712	21	3602	896	76	1134	10 314	88	7338	4255	3623	11.8
C. briggsae	21 751	21 914	30	2734	655	119	874	6435	106	5178	3540	2764	12.6
C. elegans	26 173	26 447	182	3573	856	163	1065	7156	107	6190	4401	3755	14.2
C. japonica	35 063	35 069	14	2665	998	95	2061	12 267	123	9112	3234	2679	7.6
C. remanei	31 252	32 133	21	3859	1117	84	1282	10 352	93	7199	4981	3880	12.1
Haemonchus contortus		18 580	3	2181	558	83	1016	5826	77	4679	2261	2184	11.8
Brugia malayi*	1643	11 561	10	668	347	37	579	4540	44	3139	908	678	5.9
Loa loa	15 319	15 356	11	784	588	46	750	5774	49	3749	1387	795	5.2
Wuchereria bancrofti	19 298	19 525	18	716	677	129	870	8254	39	4504	1205	734	3.8
Trichinella spiralis	16 041	16 278	17	935	770	73	980	5389	71	3433	1234	952	5.8
Ecdysozoa (Arthropoda)
Daphnia pulex	30 137	30 988	22	2827	892	333	1432	11 433	88	8315	2130	2849	9.2
Strigamia maritima	14 972	15 011	19	1118	428	48	726	5331	68	3635	1835	1137	7.6
Lophotrochozoa
Helobdella robusta	23 328	23 379	19	1170	671	59	924	9385	145	5866	2226	1189	5.1
Capitella teleta		31 207	22	2183	907	76	1263	10 827	106	7765	3917	2205	7.1
Crassostrea gigas	25 982	26 850	26	1904	633	85	814	10 178	140	7045	2912	1930	7.2
Lottia gigantea		23 721	34	1683	588	48	659	9382	76	5530	2734	1717	7.2
Platyhelminthes
Echinococcus granulosus		11 124	0	614	375	381	656	2855	40	3518	1260	614	5.5
E. multilocularis		10 572	0	591	326	91	656	2878	48	3532	1239	591	5.6
Clonorchis sinensis	13 606	13 880	6	562	349	55	990	4294	89	5074	1234	568	4.1
Schistosoma japonicum		16 236	17	1767	607	70	853	6086	36	3511	1357	1784	11.0
S. mansoni	11 723	12 836	9	605	427	203	505	4491	60	3740	1242	614	4.8
Other Invertebrates
Amphimedon queenslandica	29 741	29 816	6	1490	893	65	1246	11 722	73	7333	2685	1496	5.0
Nematostella vectensis	24 435	25 035	61	1135	586	58	1005	8651	72	6385	3293	1196	4.8
Strongylocentrotus purpuratus	28 567	29 560	46	2198	737	94	1101	9895	145	8580	4026	2244	7.6
Trichoplax adhaerens	11 520	11 590	7	482	213	36	489	5013	44	2502	1776	489	4.2
Branchiostoma floridae	28 544	29 237	37	2227	710	152	1146	8799	140	7800	3826	2264	7.7

Notes: Data of other protein subcellular locations are summarized in Supplementary Table 1. HLS: highly likely secreted; LS: likely secreted; Mito: mitochondrial; mem: membrane; non-mem: non-membrane; Cyt: cytoplasm (or cytosol); Nuc: nuclear; Secr: secretome. Species labeled with * has more (or less) 5000 protein entries than its reference proteome.