Table 2.
Variants among HPV16 E2, E6 and E7 genes
| Nucleotide substitutions | Predicted amino acid substitution | N | Percentage (%) | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
|
|||||||||||||||||||||||
| E6 | E7 | E2 | E6 | E7 | E2 | |||||||||||||||||||
| Variant classes | 1 | 1 | 1 | 3 | 3 | 4 | 6 | 6 | 8 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | |||||
| 3 | 7 | 7 | 3 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 8 | 9 | 1 | 2 | 3 | 4 | 4 | 5 | 6 | 7 | ||||||
| 1 | 6 | 8 | 5 | 0 | 2 | 6 | 7 | 6 | 2 | 2 | 5 | 4 | 8 | 0 | 4 | 2 | 8 | 8 | ||||||
| 7 | 5 | 8 | 8 | 3 | 9 | 8 | 3 | 3 | 6 | |||||||||||||||
| HPV16-R(E-P) | A | G | T | C | T | A | A | A | T | G | A | C | G | T | C | G | T | C | C | |||||
| E-P | - | - | - | - | - | - | C | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | - | N29H | - | 14 | 4.79 | ||
| As-A131C | c | - | A | - | - | - | C | a | G | - | - | - | - | - | - | - | A | -/D25E | N29H | -/-/D344E | 27 | 9.25 | ||
| E-G176A | - | A | - | - | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | D25N | - | - | 14 | 4.79 | |||
| As-T178G | - | - | G | - | - | - | G | c | - | G | - | - | - | T | - | - | A | - | D25E | N29S/- | -/P219S/T310K | 75 | 25.68 | |
| Af1-C335T | - | - | - | T | - | - | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | H78Y | - | - | 8 | 2.75 | |||
| E-T350G | - | - | - | - | G | C | - | G | - | - | - | - | - | - | - | - | L83V/E113D | - | - | 30 | 10.27 | |||
| As | - | - | G | - | - | - | a | G | A | A | - | - | - | - | - | A | D25E | - | -/-/T135K/R165Q/D344E | 73 | 25.00 | |||
| As | - | - | G | - | - | - | G | c | - | G | - | - | C | - | A | c | - | - | D25E | N29S/- | -/I210T/E232K/- | 50 | 17.13 | |
| As | - | - | - | - | - | - | G | G | - | - | C | - | A | c | - | - | D25E | N29S | -/I210T/E232K/- | 1 | 0.34 | |||