. 2015 Sep 8;7(1):93. doi: 10.1186/s13148-015-0126-9

Table 4.

Selected differentially expressed genes with DMS in adipogenesis, insulin signaling, and fatty acid biosynthesis pathways

	Expression						DNA methylation
	Obese		Control		Obese vs control	Adjusted P ^a	Probes	Gene_region	Obese		Control		Obese vs control	Adjusted P ^a
	Average	SD	Average	SD	Obese vs control				Average	SD	Average	SD	Obese vs control
Adipogenesis
KLF15	143	41	253	54	0.57	4.78E−04	cg00540067	5′UTR	0.53	0.09	0.35	0.06	0.18	6.01E−05
							cg27639142	5′UTR	0.33	0.08	0.18	0.06	0.15	1.94E−04
							cg01031983	Body	0.25	0.07	0.13	0.04	0.12	4.85E−05
							cg21468971	Body	0.84	0.06	0.92	0.02	−0.08	2.32E−04
							cg14339848	3′UTR	0.47	0.05	0.37	0.05	0.10	9.90E−04
KLF5	33	4	45	9	0.73	5.16E−03	cg09338033	1stExon	0.06	0.02	0.04	0.01	0.02	1.89E−04
							cg14281591	Body	0.87	0.06	0.92	0.02	−0.05	6.75E−03
PLIN2	506	102	408	53	1.24	3.62E−02	cg03885527	Body	0.84	0.04	0.9	0.03	−0.06	4.18E−03
PPARA	105	13	147	25	0.72	5.54E−04	cg10543624	Body	0.74	0.09	0.86	0.05	−0.12	2.31E−04
PPARG	1607	142	2096	258	0.77	4.08E−04	cg01412654	TSS1500	0.47	0.08	0.33	0.06	0.14	1.87E−04
							cg18063278	TSS1500	0.28	0.09	0.15	0.05	0.13	7.36E−04
							cg25929976	TSS1500	0.24	0.07	0.13	0.04	0.11	1.21E−04
							cg16827534	5′UTR	0.31	0.13	0.15	0.05	0.16	7.11E−04
							cg16197186	5′UTR	0.91	0.03	0.84	0.05	0.07	2.62E−04
							cg10499651	Body	0.23	0.11	0.09	0.02	0.14	8.70E−05
PPARGC1A	58	9	96	31	0.61	2.36E−03	cg11270806	TSS1500	0.18	0.09	0.08	0.02	0.10	3.66E−04
							cg27461259	TSS1500	0.35	0.07	0.16	0.04	0.19	5.36E−06
							cg27514608	TSS1500	0.21	0.11	0.08	0.02	0.13	6.43E−05
Insulin signaling
AKT2	1021	104	1302	205	0.78	3.57E−03	cg14309246	TSS1500	0.23	0.09	0.13	0.03	0.10	5.03E−03
							cg25333225	TSS1500	0.17	0.05	0.11	0.02	0.06	9.61E−04
							cg13351352	Body	0.35	0.12	0.18	0.07	0.17	6.22E−04
							cg15153957	3′UTR	0.14	0.13	0.06	0.02	0.08	4.54E−03
INSR	192	19	244	42	0.79	6.85E−03	cg00428638	Body	0.29	0.09	0.16	0.08	0.13	3.34E−03
							cg09779027	Body	0.33	0.09	0.16	0.05	0.17	3.99E−05
							cg10148591	Body	0.25	0.08	0.13	0.03	0.12	2.11E−04
							cg23845936	Body	0.63	0.08	0.43	0.08	0.20	4.44E−05
IRS1	121	24	181	63	0.67	3.46E−02	cg00727310	1stExon	0.35	0.09	0.2	0.04	0.15	1.03E−04
							cg04129548	1stExon	0.39	0.09	0.22	0.07	0.17	1.88E−04
							cg13008631	1stExon	0.36	0.07	0.17	0.06	0.19	1.11E−05
							cg04751089	3′UTR	0.14	0.07	0.04	0.02	0.10	1.20E−05
							cg00305996	3′UTR	0.55	0.13	0.3	0.11	0.25	1.78E−04
IRS2	115	19	184	28	0.62	2.99E−05	cg25312054	1stExon	0.67	0.09	0.49	0.08	0.18	1.24E−04
							cg03337886	1stExon	0.37	0.07	0.21	0.06	0.16	2.99E−05
							cg10488031	1stExon	0.35	0.03	0.25	0.05	0.10	1.17E−03
							cg05514401	1stExon	0.69	0.09	0.57	0.09	0.12	1.00E−02
							cg01569664	Body	0.49	0.12	0.31	0.08	0.18	6.38E−03
							cg12085119	Body	0.53	0.08	0.34	0.09	0.19	9.22E−05
							cg13539803	Body	0.92	0.03	0.95	0.01	−0.03	2.83E−03
							cg20445402	Body	0.76	0.14	0.44	0.11	0.32	2.45E−05
							cg24526103	Body	0.29	0.14	0.11	0.04	0.18	7.59E−04
							cg25924746	Body	0.39	0.13	0.16	0.06	0.23	3.97E−05
SGK2	265	46	208	57	1.28	3.45E−02	cg04420889	TSS1500	0.44	0.16	0.2	0.1	0.24	1.11E−03
							cg21685427	TSS1500	0.36	0.08	0.26	0.06	0.10	3.13E−03
							cg06600331	TSS200	0.39	0.07	0.29	0.06	0.10	4.91E−03
							cg06796271	TSS200	0.26	0.11	0.11	0.03	0.15	1.18E−04
SLC2A4	120	27	304	85	0.39	5.34E−06	cg03670302	3′UTR	0.78	0.06	0.65	0.1	0.13	1.38E−03
Fatty acid biosynthesis
ACACA	206	38	301	83	0.69	4.23E−03	cg01760189	TSS1500	0.51	0.11	0.31	0.08	0.20	1.83E−04
							cg20778688	TSS1500	0.69	0.09	0.53	0.07	0.16	3.11E−04
							cg07375836	5′UTR	0.19	0.04	0.13	0.06	0.06	8.52E−03
							cg16822666	5′UTR	0.19	0.08	0.08	0.04	0.11	3.98E−04
							cg06026545	Body	0.14	0.07	0.08	0.02	0.06	3.65E−03
							cg07834934	Body	0.65	0.05	0.72	0.05	−0.07	5.96E−03
							cg08013737	Body	0.43	0.1	0.29	0.07	0.14	3.07E−03
							cg15939920	Body	0.87	0.05	0.92	0.02	−0.05	1.48E−03
							cg26100256	Body	0.83	0.05	0.72	0.03	0.11	4.43E−05
ACACB	1765	158	2720	440	0.65	1.88E−05	cg12178147	TSS1500	0.47	0.13	0.21	0.08	0.26	2.81E−05
							cg23921871	1stExon	0.59	0.09	0.46	0.08	0.13	5.87E−03
							cg06002638	Body	0.49	0.08	0.36	0.05	0.13	8.85E−04
ACLY	428	66	773	494	0.55	3.41E−02	cg19443920	TSS1500	0.12	0.06	0.06	0.01	0.06	1.50E−03
							cg12641024	5′UTR	0.37	0.16	0.17	0.05	0.20	1.09E−03
							cg14583225	5′UTR	0.34	0.09	0.18	0.06	0.16	8.03E−05
							cg27470486	5′UTR	0.13	0.08	0.06	0.03	0.07	2.61E−03
							cg01761362	Body	0.37	0.16	0.16	0.07	0.21	6.64E−04
PECR	392	64	597	120	0.66	5.14E−04	cg10881745	Body	0.71	0.09	0.44	0.09	0.27	1.02E−05

^aAdjusted P comparing groups in Limma (in DNA methylation analysis adjusting for age)