Table S1.
Strains of E. coli and plasmids used in this study
| Strain or plasmid | Genotype | Reference or source |
| Escherichia coli K12 | ||
| C43(DE3) | Strain for overexpression of membrane proteins carrying a chromosomal T7 polymerase | (40) |
| MC4100 | F− araD139 Δ(argF-lac)U169 rpsL150 ΔlacZ relA1 flbB530 deoC1 ptsF25 rbsR | (6, 31) |
| IMW237 | MC4100 λ[Φ(dcuB’-‘lacZ)hyb, bla+] | (6) |
| IMW260 | MC4100 λ[Φ(dcuB’-‘lacZ)hyb, bla+] dcuS::Camr | (6) |
| Plasmids | ||
| pET28a | Expression vector, pBR ori, T7 Promoter, His6-tag (Kanr) | Novagen |
| Plasmids for reporter gene measurements | ||
| pMW181 | pET28a with dcuS (2.2 kb XbaI/HindIII fragment) (Kanr) | (8) |
| pMW1545 | pMW181 but DcuS-W181R (Kanr) | This study |
| pMW1546 | pMW181 but DcuS-W185R (Kanr) | This study |
| Plasmids for SCAM and in vivo cross-linking | ||
| pMW151 | His6-DcuS expression plasmid, pET28a derivative (Kanr) | (18) |
| pMW324 | pMW151 but DcuS-C199S (Kanr) | (13) |
| pMW325 | pMW151 but DcuS-C471S (Kanr) | (13) |
| pMW336 | pMW151 but DcuS-C199S-C471S (= DcuS-Cys−) (Kanr) | (13) |
| pMW1588 | pMW336 but DcuS-D178C (Kanr) | This study |
| pMW1589 | pMW336 but DcuS-S179C (Kanr) | This study |
| pMW1590 | pMW336 but DcuS-R180C (Kanr) | This study |
| pMW1591 | pMW336 but DcuS-W181C (Kanr) | This study |
| pMW1592 | pMW336 but DcuS-S182C (Kanr) | This study |
| pMW1593 | pMW336 but DcuS-I183C (Kanr) | This study |
| pMW1594 | pMW336 but DcuS-I184C (Kanr) | This study |
| pMW1595 | pMW336 but DcuS-W185C (Kanr) | This study |
| pMW1596 | pMW336 but DcuS-S186C (Kanr) | This study |
| pMW1597 | pMW336 but DcuS-V187C (Kanr) | This study |
| pMW1598 | pMW336 but DcuS-L188C (Kanr) | This study |
| pMW1840 | pMW336 but DcuS-I196C (Kanr) | This study |
| pMW1841 | pMW336 but DcuS-G197C (Kanr) | This study |
| pMW1842 | pMW336 but DcuS-T198C (Kanr) | This study |
| pMW1843 | pMW336 but DcuS-I200C (Kanr) | This study |
| pMW1844 | pMW336 but DcuS-L201C (Kanr) | This study |
| pMW1845 | pMW336 but DcuS-V202C (Kanr) | This study |
| pMW1846 | pMW336 but DcuS-K203C (Kanr) | This study |
| pMW1847 | pMW336 but DcuS-V204C (Kanr) | This study |
| pMW1848 | pMW336 but DcuS-L205C (Kanr) | This study |
| pMW1849 | pMW336 but DcuS-K206C (Kanr) | This study |
| pMW1850 | pMW336 but DcuS-K207C (Kanr) | This study |
| pMW1851 | pMW336 but DcuS-I208C (Kanr) | This study |
| pMW1852 | pMW336 but DcuS-L209C (Kanr) | This study |
| pMW1853 | pMW336 but DcuS-F210C (Kanr) | This study |
| pMW1854 | pMW336 but DcuS-G211C (Kanr) | This study |
| pMW1855 | pMW336 but DcuS-L212C (Kanr) | This study |
| pMW1856 | pMW336 but DcuS-E213C (Kanr) | This study |
| pMW1930 | pMW336 but DcuS-K16C (Kanr) | This study |
| pMW1931 | pMW336 but DcuS-L17C (Kanr) | This study |
| pMW1932 | pMW336 but DcuS-S18C (Kanr) | This study |
| pMW1933 | pMW336 but DcuS-T19C (Kanr) | This study |
| pMW1934 | pMW336 but DcuS-T20C (Kanr) | This study |
| pMW1935 | pMW336 but DcuS-V21C (Kanr) | This study |
| pMW1936 | pMW336 but DcuS-I22C (Kanr) | This study |
| pMW1937 | pMW336 but DcuS-L23C (Kanr) | This study |
| pMW1938 | pMW336 but DcuS-M24C (Kanr) | This study |
| pMW1939 | pMW336 but DcuS-V25C (Kanr) | This study |
| pMW1977 | pMW336 but DcuS-V35C (Kanr) | This study |
| pMW1978 | pMW336 but DcuS-V36C (Kanr) | This study |
| pMW1979 | pMW336 but DcuS-H37C (Kanr) | This study |
| pMW1980 | pMW336 but DcuS-L38C (Kanr) | This study |
| pMW1981 | pMW336 but DcuS-I39C (Kanr) | This study |
| pMW1982 | pMW336 but DcuS-Y40C (Kanr) | This study |
| pMW1983 | pMW336 but DcuS-F41C (Kanr) | This study |
| pMW1984 | pMW336 but DcuS-S42C (Kanr) | This study |
| pMW1985 | pMW336 but DcuS-Q43C (Kanr) | This study |
| pMW1986 | pMW336 but DcuS-I44C (Kanr) | This study |
| pMW1987 | pMW336 but DcuS-S45C (Kanr) | This study |
| pMW1988 | pMW336 but DcuS-D46C (Kanr) | This study |
| pMW2032 | pMW336 but DcuS-S179C-W181R (Kanr) | This study |
| pMW2033 | pMW336 but DcuS-W181R-S182C (Kanr) | This study |
| pMW2034 | pMW336 but DcuS-W181R-W185C (Kanr) | This study |
| pMW2035 | pMW325 but DcuS-W181R (Kanr) | This study |
| pMW2036 | pMW336 but DcuS-W181R-L205C (Kanr) | This study |
| pMW2037 | pMW336 but DcuS-W181R-L209C (Kanr) | This study |
| pMW2038 | pMW336 but DcuS-S179C-W185R (Kanr) | This study |
| pMW2039 | pMW336 but DcuS-W181C-W185R (Kanr) | This study |
| pMW2040 | pMW336 but DcuS-S182C-W185R (Kanr) | This study |
| pMW2041 | pMW325 but DcuS-W185R (Kanr) | This study |
| pMW2042 | pMW336 but DcuS-W185R-L205C (Kanr) | This study |
| pMW2043 | pMW336 but DcuS-W185R-L209C (Kanr) | This study |
| pMW2129 | pMW336 but DcuS-L169C (Kanr) | This study |
| pMW2130 | pMW336 but DcuS-S170C (Kanr) | This study |
| pMW2131 | pMW336 but DcuS-R171C (Kanr) | This study |
| pMW2132 | pMW336 but DcuS-V172C (Kanr) | This study |
| pMW2133 | pMW336 but DcuS-T173C (Kanr) | This study |
| pMW2134 | pMW336 but DcuS-Q174C (Kanr) | This study |
| pMW2135 | pMW336 but DcuS-Q175C (Kanr) | This study |
| pMW2136 | pMW336 but DcuS-I176C (Kanr) | This study |
| pMW2137 | pMW336 but DcuS-N177C (Kanr) | This study |