. 2014 Dec 31;16(5):735–744. doi: 10.1093/bib/bbu049

Table 3.

Degree of overlap between the signatures of different cancer types measured along the whole solution paths

	BRCA				GBM				LAML				LUSC				SKCM
	I	R	C	R²	I	R	C	R²	I	R	C	R²	I	R	C	R²	I	R	C	R²
BRCA					0.032	0.091	0.413	0.172	0.073	0.076	0.372	0.153	0.012	0.152	0.355	0.013	0.10	0.09	0.40	0.26
					0.279	0.251	0.438	0.372	0.264	0.162	0.477	0.401	0.224	0.181	0.410	0.276	0.33	0.29	0.53	0.40
					0.019	0.082	0.397	0.254	0.039	0.076	0.427	0.315	0.029	0.104	0.433	0.125	0.06	0.08	0.40	0.52
GBM	0.020	0.107	0.387	0.265					0.052	0.188	0.370	0.370	0.025	0.131	0.406	0.133	0.06	0.33	0.37	0.48
	0.160	0.269	0.340	0.221					0.370	0.282	0.410	0.495	0.282	0.205	0.383	0.354	0.32	0.37	0.37	0.41
	0.017	0.125	0.243	0.294					0.002	0.085	0.263	0.220	0.056	0.176	0.247	0.387	0.03	0.14	0.26	0.45
LAML	0.050	0.113	0.243	0.121	0.047	0.319	0.198	0.207					0.016	0.131	0.296	0.080	0.06	0.41	0.23	0.26
	0.197	0.183	0.214	0.232	0.370	0.297	0.258	0.426					0.282	0.194	0.268	0.287	0.35	0.28	0.27	0.39
	0.033	0.197	0.401	0.206	0.002	0.176	0.419	0.216					0.003	0.117	0.321	0.182	0.03	0.18	0.31	0.23
LUSC	0.011	0.212	0.126	0.123	0.044	0.328	0.162	0.231	0.023	0.306	0.144	0.204					0.05	0.34	0.16	0.29
	0.175	0.314	0.207	0.305	0.297	0.343	0.375	0.449	0.290	0.270	0.324	0.526					0.31	0.34	0.23	0.46
	0.032	0.121	0.140	0.242	0.065	0.160	0.161	0.609	0.004	0.065	0.096	0.055					0.03	0.13	0.17	0.40
SKCM	0.054	0.115	0.372	0.053	0.061	0.126	0.327	0.143	0.063	0.092	0.268	0.122	0.032	0.082	0.341	0.027
	0.271	0.228	0.676	0.409	0.377	0.342	0.751	0.580	0.404	0.239	0.747	0.668	0.353	0.175	0.776	0.495
	0.027	0.121	0.405	0.343	0.033	0.127	0.506	0.389	0.028	0.104	0.273	0.070	0.027	0.129	0.385	0.282

Note. I, R, RR, C and R² correspond to the index-based, rank-based, correlation-based and R-squared based measures, respectively. In each cell, rows 1–3 correspond to gene expression, methylation and CNA.