Table 3. Areas under curves for bipartite networks.

		Precision–recall (AUPR)				ROC (AUC)
		LS × LS	LS × TS	TS × LS	TS × TS	LS × LS	LS × TS	TS × LS	TS × TS
ERN (TF–gene)	Global	0.78	0.76	0.12	0.08	0.97	0.97	0.61	0.64
	Local so	0.76	0.76	0.11	0.10	0.96	0.97	0.61	0.66
	Local mo	—	0.75	0.09	0.09	—	0.97	0.61	0.65
	Baseline	0.31	0.30	0.02	0.02	0.86	0.87	0.52	0.50
SRN (TF–gene)	Global	0.23	0.27	0.03	0.03	0.84	0.84	0.54	0.57
	Local so	0.20	0.25	0.02	0.03	0.80	0.83	0.53	0.57
	Local mo	—	0.24	0.02	0.03	—	0.83	0.53	0.57
	Baseline	0.06	0.06	0.03	0.02	0.79	0.78	0.51	0.50
DPI (drug–protein)	Global	0.14	0.05	0.11	0.01	0.76	0.71	0.76	0.67
	Local so	0.21	0.11	0.08	0.01	0.85	0.72	0.72	0.57
	Local mo	—	0.10	0.08	0.01	—	0.72	0.71	0.60
	Baseline	0.02	0.01	0.01	0.01	0.82	0.63	0.68	0.50