Table 2.
Percentages of reads mapping to the reference genome
| Sample name | PdE3_MI | PdE3_NI | PdF6_MI | PdF6_NI |
|---|---|---|---|---|
| Total reads | 40462740 | 44233860 | 43540794 | 47325648 |
| Total mapped | 37182159 (91.89 %) | 40670207 (91.94 %) | 40389548 (92.76 %) | 44003316 (92.98 %) |
| Multiple mapped | 268916 (0.66 %) | 284883 (0.64 %) | 517276 (1.19 %) | 437468 (0.92 %) |
| Uniquely mapped | 36913243 (91.23 %) | 40385324 (91.3 %) | 39872272 (91.57 %) | 43565848 (92.06 %) |
| Read-1 | 18514101 (45.76 %) | 20278703 (45.84 %) | 19998128 (45.93 %) | 21861625 (46.19 %) |
| Read-2 | 18399142 (45.47 %) | 20106621 (45.46 %) | 19874144 (45.64 %) | 21704223 (45.86 %) |
| Reads map to ‘ + ’ | 18438317(45.57 %) | 20164702 (45.59 %) | 19923475 (45.76 %) | 21777326 (46.02 %) |
| Reads map to ‘-’ | 18474926 (45.66 %) | 20220622 (45.71 %) | 19948797 (45.82 %) | 21788522 (46.04 %) |
| Non-splice reads | 30579359 (75.57 %) | 33256246 (75.18 %) | 33435379 (76.79 %) | 36873244 (77.91 %) |
| Splice reads | 6333884 (15.65 %) | 7129078 (16.12 %) | 6436893 (14.78 %) | 6692604 (14.14 %) |