Table 1.

Frequency of amino acid variations for positions 16 and 170 of p24 of sequences deposited in the Los Alamos National Laboratory sequence database

Subtypes	Amino acids at position 16									Amino acids at position 170
	S	T	A	H	L	M	Y	Q	Total	K	R	N	E	I	T	Y	Total
A (A1/A2)	330	6	2					1	339	334	3	1		1			339
	97.35 %	1.77 %	0.59 %					0.29 %		98.53 %	0.88 %	0.29 %		0.29 %
B	4′387	78	45			1	1		4′512	4′412	112						4′525
	97.23 %	1.73 %	1.00 %			0.02 %	0.02 %			97.50 %	2.48 %				1
C	2′369	50	11	2	1				2′433	2′357	68	1					2′426
	97.37 %	2.06 %	0.45 %	0.08 %	0.04 %					97.16 %	2.80 %	0.04 %
D	123	5							128	126			1				127
	96.09 %	3.91 %								99.21 %			0.79 %
F (F1/F2)	85	2							87	77	6	1					84
	97.70 %	2.30 %								91.67 %	7.14 %	1.19 %
G	65	1							66	64							64
	98.48 %	1.52 %								100.00 %
CRF01_AE	1′015	1	1						1′017	1′012	4						1′016
	99.80 %	0.10 %	0.10 %							99.61 %	0.39 %
CRF02_AG	97				1				98	96	2						98
	98.98 %				1.02 %					97.96 %	2.04 %
CRF07_BC	140								140	139							139
	100.00 %									100.00 %
Other group M	1′456	20	3						1′479	1′457	20				1		1′478
	98.44 %	1.35 %	0.20 %							98.58 %	1.35 %				0.07 %
Group O	20								9	20							20
	100.00 %									100.00 %
Group N		9							20	8	1						9
		100.00 %								88.89 %	11.11 %
Group P	2								2	2							2
	100.00 %									100.00 %
Unclassified	36	2							38	38							38
	94.74 %	5.26 %								100.00 %
Total	10′125	174	62	2	2	1	1	1	10′368	10′142	216	3	1	1	1	1	10′365
	97.66 %	1.68 %	0.60 %	0.02 %	0.02 %	0.01 %	0.01 %	0.01 %		97.85 %	2.08 %	0.03 %	0.01 %	0.01 %	0.01 %	0.01 %