Table 3.

Chromosome 3 Copy Number by FISH (using CEP3 and 3p26 probes) and by SNP-A (overall chromosome 3 status, centromeric, and 3p26 regions)

ID	FISH				SNP-A			Clinical Data
	Copy #	CEP3	%M	3p26	Copy #	Centromere	3p26	F/U	Status	Mets
1	Monosomy 3	Del	73.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	43	Dead	No
2	Monosomy 3	Del	75.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	59	Alive	No
3	Monosomy 3	Del	49.5	Del	Monosomy 3	Del	Del	49	Alive	No
4	Monosomy 3	Del	73.5	Del	Monosomy 3	Del	Del	67	Alive	No
5	Monosomy 3	Del	84.5	Del	Monosomy 3	Del	Del	83	Dead	No
6	Monosomy 3	Del	47.5	Del	Monosomy 3	Del	Del	37	Dead	No
7	Monosomy 3	Del	92.5	Del	Monosomy 3	Del	Del	36	Alive	No
8	Monosomy 3	Del	87.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	28	Dead	Yes
9	Monosomy 3	Del	77.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	35	Alive	No
10	Monosomy 3	Del	63.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	21	Dead	Yes
11	Monosomy 3	Del	65.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	28	Alive	No
12	Monosomy 3	Del	81.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	26	Dead	Yes
13	Monosomy 3	Del	91.5	Del	Monosomy 3	Del	Del	16	Dead	No
14	Monosomy 3	Del	82.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	37	Dead	No
15	Monosomy 3	Del	74.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	18	Dead	Yes
16	Monosomy 3	Del	68.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	24	Dead	Yes
17	Monosomy 3	Del	83.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	2	Dead	Yes
18	Monosomy 3	Del	52.5	Del	Monosomy 3	Del	Del	33	Dead	Yes
19	Monosomy 3	Del	96.5	Del	Monosomy 3	Del	Del	12	Dead	Yes
20	Monosomy 3	Del	78.5	Del	Monosomy 3	Del	Del	31	Dead	Yes
21	Monosomy 3	Del	90.5	Del	Monosomy 3	Del	Del	33	Dead	Yes
22	Monosomy 3	Del	77.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	39	Dead	Yes
23	Monosomy 3	Del	87.5	Del	Monosomy 3	Del	Del	26	Dead	Yes
24	Monosomy 3	Del	77.0	Del	Chip Failure	NA	NA	27	Dead	Yes
25	Monosomy 3	Del	86.0	Del	No Tumor DNA	NA	NA	17	Dead	No
26	Monosomy 3	Del	28.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	15	Dead	Yes
27	Disomy 3	Normal	0.0	Normal	Monosomy 3	Del	Del	28	Dead	No
28	Disomy 3	Normal	13.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	38	Alive	No
29	Sample Debris	NA	NA	NA	Monosomy 3	Del	Del	82	Alive	No
30	Disomy 3	Normal	2.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	26	Alive	No
31	Disomy 3	Normal	18.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	11	Dead	Yes
32	Disomy 3	Normal	12.0	Normal	Monosomy 3	Del	Del	14	Dead	Yes
33	Monosomy 3	Del	38.0	Del	Monosomy 3	Del	Del	18	Dead	Yes
34	Disomy 3	Normal	2.5	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	69	Alive	No
35	Disomy 3	Normal	4.5	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	50	Alive	No
36	Disomy 3	Normal	3.0	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	46	Alive	No
37	Disomy 3	Normal	14.5	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	44	Alive	No
38	Disomy 3	Normal	6.5	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	90	Alive	No
39	Disomy 3	Normal	5.0	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	95	Alive	No
40	Disomy 3	Normal	6.0	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	41	Alive	No
41	Disomy 3	Normal	6.5	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	33	Alive	No
42	Disomy 3	Normal	3.0	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	67	Alive	No
43	Disomy 3	Normal	4.0	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	70	Dead	No
44	Disomy 3	Normal	5.5	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	48	Dead	No
45	Disomy 3	Normal	2.0	Normal	Disomy 3	Normal	Normal	40	Dead	Yes
46	Disomy 3	Normal	4.5	Normal	100% Del 3q	Normal	Normal	43	Alive	No
47	Disomy 3	Normal	5.0	Del	100% Del 3q	Del	Del	51	Alive	No
					66.5% Gain 3p
					33.5% Del 3p
48	Disomy 3	Normal	2.0	Del	10% Del 3p	Normal	Del	36	Alive	No
49	Disomy 3	Normal	0.0	Normal	50% Gain 3q	Normal	Normal	18	Dead	Yes
50	Disomy 3	Normal	12.0	Del	75% Gain 3p	Normal	Gain	23	Dead	No

ID, identification; %M, percentage of monosomy 3 cells by FISH-CEP3; F/U, follow-up (months); Mets, metastases; Del, deletion; NA, not applicable.