Table 1. Sequence types of various serotypes among the 953 clinical pneumococcal isolates.
| Sequence type orclonal complex (CC) | Total | Year |
PCV7/PCV10 serotypes |
PCV13 serotypes |
Non-vaccine serotypes |
|||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2012 | 2013 | 2014 | 19F | 6B | 23F | 14 | 4 | 9V | 18 | 19A | 6A | 3 | 15A | 15B | 23A | Othersa | ||
| Total | 953 | 360 | 310 | 283 | 131 | 73 | 64 | 41 | 3 | 4 | 3 | 218 | 73 | 42 | 85 | 74 | 47 | 95 |
| CC236/320 | ||||||||||||||||||
| 320 | 214 | 99 | 75 | 40 | 11 | 1 | 202 | |||||||||||
| 271 | 38 | 13 | 15 | 10 | 37 | 1 | ||||||||||||
| 236 | 32 | 18 | 8 | 6 | 32b | |||||||||||||
| 1464 | 18 | 7 | 9 | 2 | 17 | 1 | ||||||||||||
| 283 | 6 | 3 | 1 | 2 | 6 | |||||||||||||
| 1465 | 5 | 2 | 1 | 2 | 5 | |||||||||||||
| 7122 | 5 | 4 | 1 | 5 | ||||||||||||||
| Othersc | 14 | 7 | 5 | 2 | 11 | 3 | ||||||||||||
| CC81/83 | ||||||||||||||||||
| 81 | 85 | 33 | 30 | 22 | 4 | 3 | 28d | 49 | 1 | |||||||||
| 83 | 58 | 21 | 17 | 20 | 5 | 1 | 52 | |||||||||||
| 4003 | 2 | 1 | 1 | 2 | ||||||||||||||
| 282 | 2 | 1 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||
| 8528 | 2 | 1 | 1 | 2 | ||||||||||||||
| Otherse | 10 | 2 | 2 | 6 | 1 | 3 | 1 | 5 | ||||||||||
| CC63 | ||||||||||||||||||
| 63 | 82 | 17 | 28 | 37 | 1 | 1 | 1 | 79f | ||||||||||
| Othersg | 4 | 1 | 2 | 1 | 1 | 3 | ||||||||||||
| CC338 | ||||||||||||||||||
| 338 | 38 | 7 | 12 | 19 | 1 | 1h | 1 | 35 | ||||||||||
| 8080 | 2 | 1 | 1 | 2 | ||||||||||||||
| 2777 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||
| CC242 | ||||||||||||||||||
| 242 | 23 | 7 | 12 | 4 | 21i | 2 | ||||||||||||
| Othersj | 5 | 3 | 1 | 1 | 4 | 1 | ||||||||||||
| CC876 | ||||||||||||||||||
| 876 | 18 | 8 | 6 | 4 | 18 | |||||||||||||
| 5749 | 3 | 1 | 1 | 1 | 3 | |||||||||||||
| 9126 | 1 | 1 | 1 | |||||||||||||||
| CC2652 | ||||||||||||||||||
| 2652 | 10 | 2 | 5 | 3 | 1 | 9 | ||||||||||||
| 13 | 2 | 2 | 2 | |||||||||||||||
| 15 | 2 | 2 | 2 | |||||||||||||||
| CC7130 | ||||||||||||||||||
| 7130 | 10 | 6 | 3 | 1 | 10 | |||||||||||||
| 90 | 3 | 3 | 3 | |||||||||||||||
| 8526 | 3 | 2 | 1 | 3 | ||||||||||||||
| 95 | 2 | 1 | 1 | 2 | ||||||||||||||
| Othersk | 2 | 1 | 1 | 2 | ||||||||||||||
| 180 | 40 | 15 | 13 | 12 | 40l | |||||||||||||
| 76 | 43 | 15 | 16 | 12 | 41 | 2 | ||||||||||||
| 166 | 11 | 4 | 7 | 3 | 3 | 5 | ||||||||||||
| Othersm | 157 | 55 | 42 | 60 | 5 | 10 | 3 | 5 | 3 | 1 | 3 | 6 | 13 | 1 | 1 | 14 | 6 | 86 |
Abbreviations: PCV7, 7-valent pneumococcal conjugate vaccine; PCV10, 10-valent pneumococcal conjugate vaccine; PCV13, 13-valent pneumococcal conjugate vaccine.
aOther minor serotypes were 6C (n = 12), 34 (n = 12), 35B (n = 12), 22F (n = 10), 11A (n = 9), 35A/35C/42 (n = 8), 20 (n = 4), 10A (n = 3), 13 (n = 3), 8, 16F, 17F, 37 (n = 2 each), 7B/7C, 15F, 21, 22A, and 23B (n = 1 each).
bPMEN global clone Taiwan19F-14.
cST2697, ST3164, ST7107, ST7123, ST8525, ST8537, ST9121, ST9122, ST9124, ST9129, ST9135, ST9136, ST9630, and ST9998 (n = 1 each).
dPMEN global clone Spain23F-1.
eST8524, ST9117, ST9118, ST9131, ST9229, ST9990, ST9991, ST10072, ST10077, and ST10079 (n = 1 each).
fPMEN global clone Sweden15A-25.
gST782, ST7340, ST8019, and ST9639 (n = 1 each).
hPMEN global clone Colombia23F-26.
iPMEN global clone Taiwan23F-15.
jST1435, ST1441, ST9116, ST9994, and ST9625 (n = 1 each).
kST9123 and ST9133 (n = 1 each).
lPMEN global clone Netherlands3-31.
mOther STs included 93 minor STs, each consisted of 1-8 isolates.