Table 5.
Identification of nucleotide substitutions at the primer and probe binding sites for the matrix RRT‐PCRs with 16 representative SIV and H1N1v isolates
| Examples of influenza A isolates (subtype) | Accession number | M+24 F primer* AGA TGA GTC TTC TAA CCG AGG TCG | M+64 probe* TCA GGC CCC CTC AAA GCC GA | M−124 R primer* TGC AAA AAC ATC TTC AAG TCT CTG |
|---|---|---|---|---|
| A/California/07/09 (H1N1v) | FJ966975 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐CT ‐‐‐ C‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/England/195/09 (H1N1v) | GQ166660 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐CT ‐‐‐ C‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/Italy/29021/09 (H1N1v) | CY053622 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐CT ‐‐‐ C‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/England/WVL16/98 (H1N1 avian‐like) | CY037955 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ C‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/Geldern (Germany)/IDT2888/04 (H1N1 avian‐like) | EU478821 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐C‐ ‐‐‐ C‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/Stadtlohn (Germany)/IDT3853/05 (H1N2) | EU478843 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐C‐ ‐‐‐ C‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/Sweden/1021/09 (H1N2) | GQ495135 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐C ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐C‐ ‐‐‐ C‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/England/742104/95 (H3N2) | Unpublished | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ C‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/Hungary/13509/07 (H3N2) | FJ798769 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐C‐ ‐‐‐ C‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/wildboar/Germany/WS169/06 (H3N2) | AM746618 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ C‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/Quebec/5393/91 (H1N1) | AF188004 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/Kansas/77778/07 (H1N1) | GQ484361 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/Ontario/48235/04 (H1N2) | DQ280234 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/Minnesota/SG‐00239/07 (H1N2) | CY041906 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/North Carolina/R08‐001877‐D08‐013371/08 (H3N2) | CY041850 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
| A/swine/Oklahoma/001142/09 (H3N2) | CY045554 | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐ | ‐‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ G‐‐ ‐‐‐ ‐‐‐ |
*Primer and probe sequences at head of this table are as originally named and described by Spackman et al for the “avian” M gene RRT PCR,38 written 5′ to 3′ from left to right. M gene sequences from H1N1v isolates guided modification of the original M−124 R primer to the “Rev‐mod” primer used in the “perfect match” M gene RRT PCR described in this study.