Table 2. Estimated dates of origin for the four different southern African data sets under various models and parameters.
| Models and parameters |
gag p24 full-length strains |
gag p24 full-length strains + old archived strains |
||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Mean | Median | 95% HPD lower | 95% HPD upper | ESS | Mean | Median | 95% HPD lower | 95% HPD upper | ESS | |
| Relax.bsp.est | 1951,8 | 1951,7 | 1963,1 | 1940,7 | 1990,9 | 1961,2 | 1961,7 | 1966,3 | 1955,1 | 452,0 |
| Relax.bsp.fix | 1963,3 | 1963,6 | 1968,6 | 1957,6 | 493,4 | 1963,1 | 1963,6 | 1968,2 | 1957,0 | 292,1 |
| Relax.const.est | 1967,8 | 1968,6 | 1974,9 | 1958,8 | 1116,2 | 1962,2 | 1962,6 | 1967,3 | 1956,1 | 372,1 |
| Relax.const.fix | 1960,4 | 1961,3 | 1968,5 | 1950,9 | 758,9 | 1959,0 | 1960,1 | 1967,2 | 1948,1 | 358,8 |
| Relax.expo.est | 1948,4 | 1948,2 | 1956,2 | 1941,0 | 202,5 | 1959,0 | 1959,8 | 1963,5 | 1954,6 | 368,7 |
| Relax.expo.fix | 1962,5 | 1962,7 | 1966,5 | 1958,5 | 229,8 | 1961,9 | 1962,0 | 1965,6 | 1958,0 | 340,8 |
| Strict.bsp.est | 1949,2 | 1949,1 | 1960,5 | 1938,7 | 1571,4 | 1959,9 | 1960,5 | 1968,2 | 1950,3 | 1275,6 |
| Strict.bsp.fix | 1963,0 | 1963,3 | 1968,0 | 1956,9 | 794,6 | 1962,8 | 1963,1 | 1967,7 | 1957,1 | 1595,0 |
| Strict.const.est | 1961,6 | 1962,3 | 1973,9 | 1948,6 | 303,1 | 1960,7 | 1961,3 | 1969,0 | 1951,1 | 330,4 |
| Strict.const.fix | 1962,0 | 1963,5 | 1969,6 | 1950,5 | 319,9 | 1961,7 | 1962,2 | 1968,3 | 1954,1 | 349,1 |
| Strict.expo.est | 1957,2 | 1958,9 | 1968,3 | 1943,8 | 336,8 | 1961,6 | 1961,9 | 1966,9 | 1955,8 | 332,8 |
| Strict.expo.fix | 1962,6 | 1962,7 | 1966,4 | 1958,8 | 336,8 | 1961,5 | 1961,6 | 1965,5 | 1957,6 | 226,0 |
| pol full-length strains | pol full-length strains + old archived strains | |||||||||
| Relax.bsp.est | 1957,9 | 1958,0 | 1966,9 | 1948,4 | 2720,1 | 1958,3 | 1959,1 | 1961,4 | 1955,3 | 1342,6 |
| Relax.bsp.fix | 1958,3 | 1958,5 | 1964,2 | 1951,3 | 3791,7 | 1954,7 | 1955,0 | 1963,5 | 1946,1 | 429,6 |
| Relax.const.est | 1956,7 | 1956,8 | 1964,3 | 1948,6 | 2978,4 | 1981,4 | 1984,1 | 1988,4 | 1967,5 | 214,8 |
| Relax.const.fix | 1958,4 | 1959,2 | 1964,9 | 1951,8 | 1784,9 | 1986,5 | 1987,1 | 1988,7 | 1982,1 | 257,8 |
| Relax.expo.est | 1957,5 | 1957,6 | 1964,5 | 1949,9 | 2818,8 | 1958,3 | 1958,7 | 1965,2 | 1951,4 | 1361,4 |
| Relax.expo.fix | 1964,7 | 1964,8 | 1967,6 | 1961,9 | 779,7 | 1957,9 | 1958,3 | 1964,6 | 1950,1 | 1596,4 |
| Strict.bsp.est | 1958,8 | 1959,0 | 1964,5 | 1953,1 | 750,0 | 1952,1 | 1952,4 | 1959,6 | 1944,3 | 1618,5 |
| Strict.bsp.fix | 1958,7 | 1958,9 | 1964,4 | 1952,7 | 781,2 | 1952,3 | 1952,6 | 1959,3 | 1944,1 | 1677,7 |
| Strict.const.est | 1958,2 | 1958,5 | 1964,6 | 1951,0 | 1275,2 | 1959,7 | 1959,7 | 1964,5 | 1954,9 | 295,1 |
| Strict.const.fix | 1954,2 | 1954,4 | 1959,9 | 1948,2 | 700,7 | 1959,1 | 1959,1 | 1964,3 | 1954,7 | 202,5 |
| Strict.expo.est | 1957,2 | 1957,0 | 1962,6 | 1952,4 | 495,2 | 1959,6 | 1959,5 | 1964,1 | 1954,9 | 266,7 |
| Strict.expo.fix | 1963,9 | 1963,9 | 1966,8 | 1961,0 | 461,3 | 1955,5 | 1955,7 | 1963,9 | 1946,9 | 1206,5 |
The mean, median, the 95% HPD, and the ESS of each run are shown. The “best fitting runs” as determined by BF comparison are highlighted in bold.