Table 1.

List of taxa included in each dataset

Taxa			Data set					Accession number
		Species	18S + 28S (50OTU)	18S (50OTU)	28S (50OTU)	18S (65OTU)	18S (63OTU)	18S	28S
Loricifera		Rugiloricus sp.	○	○	○	○	○	LC032019	LC032020
		Nanaloricus sp.				○		EU669461
		Pliciloricus sp.				○	○	AY746986	-
Arthropoda	Euchelicerata	Limulus polyphemus	○	○	○	○	○	U91490	AF212167
		Calocheiridius cf. termitophilus	○	○	○	○	○	AY859559	AY859558
		Siro rubens	○	○	○	○	○	U36998	AY859602
		Eremobates sp.	○	○	○	○	○	AY859573	AY859572
		Pandinus imperator	○	○	○	○	○	AY210831	AY210830
		Mastigoproctus giganteus	○	○	○	○	○	AF005446	AY859587
		Misumenops asperatus	○	○	○	○	○	AY210445	AY210461
	Pycnogonida	Anoplodactylus portus	○	○	○	○	○	AY859551	AY859550
		Callipallene sp.	○	○	○	○	○	AY210808	AY210807
	Myriapoda	Polyxenidae sp.	○	○	○	○	○	AY859596	AY859595
		Orthoporus sp.	○	○	○	○	○	AY210829	AY210828
		Cherokia georgiana	○	○	○	○	○	AY859563	AY859562
		Scutigera coleoptrata	○	○	○	○	○	AF173238	AY859601
		Craterostigmus tasmanianus	○	○	○	○	○	AF000774	AY859569
	Crustacea	Cyprididae sp.	○	○	○	○	○	AY210816	AY210815
		Anaspides tasmaniae	○	○	○	○	○	L81948	AY859549
		Squilla empusa	○	○	○	○	○	L81946	AY210842
		Heteromysis sp.	○	○	○	○	○	AY859580	AY859578–79
		Gaetice depressus	○	○	○	○	○	AY859577	AY859575–76
		Panulirus argus	○	○	○	○	○	U19182	AY210833–35
		Homarus americanus	○	○	○	○	○	AF235971	AY859581
		Eulimnadia texana	○	○	○	○	○	AF144211	AY859574
		Triops longicaudatus	○	○	○	○	○	AF144219	AY157606
	Hexapoda	Podura aquatica	○	○	○	○	○	AF005452	AY210838
		Sminthurus viridus	○	○	○	○	○	AY859604	AY859603
		Dilta littoralis	○	○	○	○	○	AF005457	AY859570–71
		Callibaetis ferrugineus	○	○	○	○	○	AF370791	AY859557
		Mantis religiosa	○	○	○	○	○	AY859586	AY859585
		Zootermopsis angusticollis	○	○	○	○	○	AY859615	AY859614
		Gromphadorhina laevigata	○	○	○	○	○	AY210820	AY210819
		Gomphocerinae sp.	○	○	○	○	○	AY859547	AY859546
		Vespula pensylvanica	○	○	○	○	○	AY859613	AY859612
		Merope tuber	○	○	○	○	○	AF286287	DQ202351
Onychophora		Peripatoides novaezealandiae	○	○	○	○	○	AF342794	AF342791–93
Tardigrada		Milnesium tardigradum	○	○		○	○	U49909	-
		Milnesium sp.	○		○			-	AY210826
		Echiniscus blumi				○	○	HM193375
		Testechiniscus spitzbergensis				○	○	EU266967
		Richtersius coronifer				○	○	AY582123
Nematoda	Spiurina	Ascaris lumbricoides	○	○	○	○	○	U94366	AY210806
	Dorylaimia	Trichinella spiralis	○	○	○	○	○	U60231	AF342803
		Xiphinema rivesi	○	○	○	○	○	AF036610	AY210845
	Enoplia	Pontonema vulgare				○	○	AF047890
	Desmodorida	Spirinia elongata				○	○	EF527426
	Monhysterida	Theristus agilis				○	○	AY284695
Nematomorpha		Chordodes morgani	○	○	○	○	○	AF036639	AF342787
		Gordius aquaticus	○	○	○	○	○	X80233	AY210817
		Nectonema agile				○	○	AF421767
Priapulida		Priapulus caudatus	○	○	○	○	○	Z38009	AY210840
		Halicryptus spinulosus	○	○	○	○	○	AF342790	AF342789
		Tubiluchus corallicola				○	○	AF119086
		Meiopriapulus fijiensis				○		JN211192
Kinorhyncha		Pycnophyes sp.	○	○	○	○	○	AY859598	AY859597
		Dracoderes abei				○	○	AB738350	AB738351
		Echinoderes dujardinii				○	○	LC007044	LC007065
		Centroderes spinosus				○	○	KF372858
		Campyloderes cf. vanhoeffeni				○	○	LC007037
Lophotrochozoa (Outgroup)	Nemertea	Amphiporus sp.	○	○	○	○	○	AF119077	AF342786
	Mollusca	Placopecten magellanicus	○	○	○	○	○	X53899	AF342798
	Platyhelminthes	Stylochus zebra	○	○	○	○	○	AF342801	AF342800
	Echiura	Urechis caupo	○	○	○	○	○	AF342805	AF342804
Deuterostomes (Outgroup)	Hemichordata	Ptychodera fava	○	○	○	○	○	AF278681	AF212176
	Chordata	Ciona intestinalis	○	○	○	○	○	AB013017	AF212177

Taxa included in each data set, with GenBank accession numbers for sequences