. 2015 Oct 12;24(25):7308–7325. doi: 10.1093/hmg/ddv429

Table 4.

Summary of real-time RT-PCR oligonucleotide primers used in measuring mRNA expression in mitochondrial dynamics genes, ETC genes and synaptic genes in WT and mutant Htt neurons treated with Mdivi1

Gene	DNA sequence (5′-3′)	PCR product size
Mitochondrial structural genes
Drp1	Forward primer ATGCCAGCAAGTCCACAGAA	86
Drp1	Reverse primer TGTTCTCGGGCAGACAGTTT	86
Fis1	Forward primer CAAAGAGGAACAGCGGGACT	95
Fis1	Reverse primer ACAGCCCTCGCACATACTTT	95
MFN1	Forward primer GCAGACAGCACATGGAGAGA	83
MFN1	Reverse primer GATCCGATTCCGAGCTTCCG	83
MFN2	Forward primer TGCACCGCCATATAGAGGAAG	78
MFN2	Reverse primer TCTGCAGTGAACTGGCAATG	78
Cyclophilin D	Forward primer AGATGTCAAATTGGCAGGGGG	91
Cyclophilin D	Reverse primer TGCGCTTTTCGGTATAGTGCT	91
Opa1	Forward primer ACCTTGCCAGTTTAGCTCCC	82
Opa1	Reverse primer TTGGGACCTGCAGTGAAGAA	82
VDCA1	Forward primer CTCCCACATACGCCGATCTT	58
VDCA1	Reverse primer GCCGTAGCCCTTGGTGAAG	58
Mitochondria-encoded electron transport chain genes
ND1—CI	Forward primer CGGGCCCCCTTCGAC	72
ND1—CI	Reverse primer GGCCGGCTGCGTATTCT	72
ND3—CI	Forward primer TGTACTCAGAAAAAGCAAATCCATATG	73
ND3—CI	Reverse primer AATAATAGAAATGTAATTGCTACCAAGAAAAA	73
ND6—CI	Forward primer CCGCAAACAAAGATCACCCAG	79
ND6—CI	Reverse primer GAAGGAGGGATTGGGGTAGC	79
CYT B—CIII	Forward primer TTATCGCGGCCCTAGCAA	75
CYT B—CIII	Reverse primer TAATCCTGTTGGGTTGTTTGATCC	75
COX 1—CIV	Forward primer ATCACTACCAGTGCTAGCCG	84
COX 1—CIV	Reverse primer CCTCCAGCGGGATCAAAGAA	84
COX2—CIV	Forward primer CATCCCAGGCCGACTAAATC	74
COX2—CIV	Reverse primer TTTCAGAGCATTGGCCATAGAA	74
COX3—CIV	Forward primer CAGGATTCTTCTGAGCGTTCTATCA	72
COX3—CIV	Reverse primer AATTCCTGTTGGAGGTCAGCA	72
ATP6—CV	Forward primer TCCCAATCGTTGTAGCCATCA	76
ATP6—CV	Reverse primer AGACGGTTGTTGATTAGGCGT	76
Synaptic genes
Synaptophysin	Forward primer CTGCGTTAAAGGGGGCACTA	81
Synaptophysin	Reverse primer ACAGCCACGGTGACAAAGAA	81
PSD95	Forward primer CTTCATCCTTGCTGGGGGTC	90
PSD95	Reverse primer TTGCGGAGGTCAACACCATT	90
Synapsin 1	Forward primer TGAGGACATCAGTGTCGGGTAA	64
Synapsin 1	Reverse primer GGCAATCTGCTCAAGCATAGC	64
Synapsin 2	Forward primer TCCCACTCATTGAGCAGACATACT	63
Synapsin 2	Reverse primer GGGAACGTAGGAAGCGTAAGC	63
Synaptobrevin 1	Forward primer TGCTGCCAAGCTAAAAAGGAA	68
Synaptobrevin 1	Reverse primer CAGATAGCTCCCAGCATGATCA	68
Synaptobrevin 2	Forward primer GGGACCAGAAGTTGTCGGAG	89
Synaptobrevin 2	Reverse primer CTTGAGCTTGGCTGCACTTG	89
Neurogranin	Forward primer CTCCAAGCCAGACGACGATA	83
Neurogranin	Reverse primer AACTCGCCTGGATTTTGGCT	83
GAP43	Forward primer GCTGCGACCAAAATTCAGGC	83
GAP43	Reverse primer GCTGGTGCATCACCCTTCT	83
Synaptopodin	Forward primer TCCTGCGCCCTGAACCTA	70
Synaptopodin	Reverse primer GACGGGCGACAGAGCATAGA	70
Housekeeping genes
β-Actin	Forward primer AGAAGCTGTGCTATGTTGCTCTA	91
β-Actin	Reverse primer TCAGGCAGCTCATAGCTCTTC	91
GAPDH	Forward primer TTCCCGTTCAGCTCTGGG	59
GAPDH	Reverse primer CCCTGCATCCACTGGTGC	59