Table 1. Overview of morphological identifications compared to molecular identifications.
| Species Group | Morphology based species ID | Samples analyzed (ITS2, C01) | ITS2 sequence homology | CO1 sequence homology | Tentative Species ID | Final Species ID | Sporozoite PCR +ve (#) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| AN1 | a | 8, 8 | Unknown | Unknown | An. “Species A” | Unknown | No |
| AN2 | a | 2, 2 | An. nili | An. nili | An. nili | An. nili | No |
| AN3 | a,b | 14, 7 | An. theileri | Unknown | An. theileri | An. theileri | Yes (2) |
| AN4 | a,b | 30, 4 | An. rivulorum | An. rivulorum | An. rivulorum | An. rivulorum | Yes (1) |
| AN5 | a,c | 56, 4 | An. coustani | An. coustani | An. coustani | An. coustani | Yes (2) |
| AN6 | a,b,c,f | 194, 13 | An. cf. coustani (1) | An. coustani | An. cf. coustani (1) | Unknown | Yes (9) |
| AN7 | b,c,d,e,f,g | 17, 28 | Unknown | An. squamosus | An. squamosus | An. squamosus | No |
| AN8 | b,c | 89, 19 | An. cf. coustani (2) | An. coustani | An. cf. coustani (2) | Unknown | Yes (1) |
| AN9 | a,c,d,f,g,h, | 31, 22 | Unknown | An. pharoensis | An. pharoensis | An. pharoensis | Yes (2) |
| AN10 | a,d,e,f | 49, 27 | An. rufipes | Unknown | An. rufipes | An. rufipes | Yes (1) |
| AN11 | a,b,c,d,e,f,g | 73, 23 | An. pretoriensis | Unknown | An. pretoriensis | Unknown | Yes (1) |
| AN12 | a,b,e | 1040, 85 | An. funestus ss | An. funestus | An. funestus ss | An. funestus ss | Yes (185) |
| AN13 | a,b,c | 26, 11 | An. longipalpis C | An. funestus | An. longipalpis C | An. longipalpis C | No |
| AN14 | a,b,c,d,f | 246, 6 | An. quadriannulatus | An. quadriannulatus | An. quadriannulatus | An. quadriannulatus | Yes (8) |
| AN15 | a,b,d | 77, 7 | An. arabiensis | An. arabiensis | An. arabiensis | An. arabiensis | Yes (9) |
| AN16 | a,b,c,d,f,g | 48, 5 | An. maculipalpis | Unknown | An. maculipalpis | Unknown | No |
| AN17 | a,f | 11, 11 | An. leesoni | Unknown | An. leesoni | Unknown | No |
| AN18 | a,b | 2, 2 | An. cf. rivulorum | Unknown | An. cf. rivulorum | Unknown | Yes (1) |
Final species identifications are based on both ITS2 and COI comparisons. Morphologically based species IDs are as follows - a: An. funestus s.l., b: An. gambiae s.l., c: An. coustani s.l., d: An. pretoriensis, e: An. rufipes, f: An. squamosus, g: An. maculipalpis and h: An. implexus.