Table 1. TCGA cancer sets and SQLE CN/GE.

Set	N	LossA	GainA	ρB	P	FDR
BRCA	1178	0.03	0.62	0.71	1.71E-181	<10E-6
OV	258	0.05	0.76	0.71	3.43E-41	<10E-6
COAD	323	0.02	0.57	0.61	9.94E-34	<10E-6
KIRP	319	0.03	0.09	0.54	1.29E-25	<10E-6
BLCA	419	0.05	0.62	0.52	7.35E-31	<10E-6
TGCT	150	0.05	0.71	0.52	0.00E + 00	<10E-6
LIHC	411	0.04	0.63	0.49	1.64E-26	<10E-6
LUSC	548	0.04	0.68	0.47	6.91E-31	<10E-6
PAAD	181	0.03	0.37	0.47	2.17E-11	<10E-6
UCEC	196	0.02	0.36	0.46	1.98E-11	<10E-6
CESC	295	0.06	0.4	0.43	2.22E-14	<10E-6
LUAD	560	0.05	0.61	0.41	8.53E-24	<10E-6
SARC	260	0.16	0.31	0.4	2.41E-11	<10E-6
SKCM	470	0.06	0.51	0.39	8.02E-19	<10E-6
HNSC	554	0.01	0.73	0.35	1.13E-17	<10E-6
GBM	158	0.08	0.12	0.3	1.21E-04	<0.001
LAML	157	0	0.13	0.3	1.04E-04	<0.001
PRAD	540	0.01	0.31	0.26	4.72E-10	<10E-6
LGG	526	0.02	0.2	0.22	1.94E-07	<10E-5
KIRC	595	0.09	0.15	0.19	3.19E-06	<10E-5
THCA	564	0.01	0.01	−0.03	5.50E-01	0.5495
THYM	121	0.02	0.09	−0.08	4.05E-01	0.4244

^ASQLE fraction of losses and gains defined by GISTIC 2.0. ^BSpearman’s correlation coefficient. Full definitions of the TCGA acronyms can be found at https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga.