Table 2. Primers used to PCR amplify the chikungunya virus genome.

Primer Name	Sequence (5’—-3’)	Genome Region
Primer 1 Forward	CACGTAGCCTACCAGTTTCTTA	5’ UTR–nsP1
Primer 2 Reverse	ATGGAACACCGATGGTAGGTG
Primer 3 Forward	AACCCCGTTCATGTACAACGC	nsP1–nsP2
Primer 4 Reverse	CGGCATGTTGTACTCATTCG
Primer 5 Forward	CGAATTCGACAGCTTTGTAG	nsP1–nsP2
Primer 6 Reverse	GCACATGATGTCCGTTTATC
Primer 7 Forward	GACCAAGACTGAAAGTTGTAC	nsP2–nsP3
Primer 8 Reverse	CCACATAGTATGTATCTCTGC
Primer 9 Forward	GCGTACTGGGACGTAAGTTTA	nsP2–nsP3
Primer 10 Reverse	GGACGCACTCTCCTGGAGTTTC
Primer 11 Forward	CTGTACGGGAAGTGAGTATGAC	nsP3–nsP4
Primer 12 Reverse	CATACCGGATTTCATCATAGC
Primer 13 Forward	GGAGACGCCGTTTTAGAAACG	nsP4–capsid
Primer 14 Reverse	CGCTTGAAGGCCAATTTGGCC
Primer 15 Forward	GCAGAGAGAGAATGTGCATG	Capsid–E2
Primer 16 Reverse	CCGCTTTAGCTGTTCTAATGC
Primer 17 Forward	GGAACTACCTTGCAGCACGTAC	E2–E1
Primer 18 Reverse	GGCGTTAGTCATCGAGTGCAC
Primer 19 Forward	GTACAGCAGAGTGTAAGGACCA	E1–3’UTR
Primer 20 Reverse	CATATACCTTCTTACCTAC
Primer 21 Forward	GAACATGCCTATCTCCATCGAC	E1–3’UTR
Primer 22 Reverse	AACATCTCCTACGTCCCTATGG