Table 3. Performance of NetTar, NNfun and Zhao et al.’s³⁸.

Therapeutic category (ATC code)	Data sourcea	NetTar			NNfun			Zhao et al.’s38
		Recall	Precision	F1	Recall	Precision	F1	Recall	Precision	F1
A	(1)	0.3636	0.1125	0.1719	0.3146	0.0409	0.0724	0.0059	0.0357	0.0101
	(2)	N/A	N/A	N/A	0.3257	0.0441	0.0777	0.0065	0.0270	0.0106
	(3)	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	0.1000	0.0064	0.0121
B	(1)	0.4000	0.1538	0.2222	0.1681	0.0917	0.1187	0.0860	0.0628	0.0726
	(2)	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	0.0948	0.0773	0.0852
	(3)	0.6833	0.0796	0.1426	0.2266	0.0548	0.0883	0.1192	0.1056	0.1120
C	(1)	0.1845	0.0900	0.1210	0.1176	0.1590	0.1352	0.0915	0.0010	0.0020
	(2)	0.1789	0.2328	0.2023	0.19	0.0379	0.0632	0.0084	0.0009	0.0017
	(3)	0.0952	0.2307	0.1348	0.0985	0.0357	0.0524	0.0571	0.0013	0.0026
D	(1)	0.7347	0.0238	0.0462	0.3333	0.0147	0.0283	0.0327	0.0022	0.0042
	(2)	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	0.1064	0.0009	0.0018
	(3)	0.5294	0.0654	0.1165	0.1578	0.0185	0.0331	0.0416	0.0063	0.0109
L	(1)	0.4109	0.1165	0.1815	0.2713	0.0596	0.0978	0.0269	0.0897	0.0414
	(2)	0.3504	0.1108	0.1683	0.2436	0.0434	0.0737	0.0182	0.0213	0.0197
	(3)	0.2727	0.2051	0.2341	0.2	0.0732	0.1072	0.0288	0.0269	0.0278
N	(1)	0.2935	0.0903	0.1381	0.2952	0.0512	0.0873	0.2566	0.0018	0.0036
	(2)	0.3125	0.2403	0.2717	0.3048	0.0485	0.0837	0.1996	0.0015	0.0030
	(3)	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	0.0674	0.0039	0.0075
R	(1)	0.1923	0.0327	0.0558	0.1379	0.0192	0.0337	0.1681	0.0014	0.0028
	(2)	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	N/A	0.2209	0.0008	0.0017
	(3)	0.1052	0.16	0.1269	0.0769	0.0247	0.0375	0.1463	0.0030	0.0059
Overall	(1)	0.3692	0.0851	0.1284	0.2225	0.0654	0.0833	0.1112	0.0324	0.0227
	(2)	0.2806	0.1936	0.2141	0.2660	0.0434	0.0745	0.1091	0.0216	0.0206
	(3)	0.3371	0.1481	0.1509	0.1519	0.0413	0.0637	0.0934	0.0255	0.0298

In predicting the target proteins of drugs with distinct therapeutic effects, where N/A means no predictions available. ^aData source (1) is the PTRN network, (2) is the network consists of kinase-protein regulations from Tan et al.³⁹ and protease data from MEROPS database⁵⁷ and Lopez-Otin et al.³, (3) is the network consists of kinase-protein regulations from PhosphoSitePlus⁴⁰ and protease data from MEROPS database⁵⁷ and Lopez-Otin et al.³.