Table 1.

Total number of sequencing reads mapped to genes in TAIR 10.0

	T0		T1		T8
Map to gene	Reads number	Percentage	Reads number	Percentage	Reads number	Percentage
Total Reads	65856848	100.00 %	68717410	100.00 %	66618050	100.00 %
Total Base Pairs	5927116320	100.00 %	6184566900	100.00 %	5995624500	100.00 %
Total Mapped Reads	50220939	76.26 %	54644882	79.52 %	52800526	79.26 %
Perfect match	39421448	59.86 %	43404340	63.16 %	42190196	63.33 %
<= 5 bp mismatch	10799491	16.40 %	11240542	16.36 %	10610330	15.93 %
Unique match	40502486	61.50 %	43070199	62.68 %	42066874	63.15 %
Multi-position match	9718453	14.76 %	11574683	16.84 %	10733652	16.11 %
Total Unmapped Reads	15635909	23.74 %	14072528	20.48 %	13817524	20.74 %