Table 2.

Microbial indicators and qPCR results for wastewater samples. Host‐specific Bacteroides qPCRs developed in this study: HMprobeBac (human), PLprobeBac (poultry), PGprobeBac (pig), CWprobeBac (cow), and Bacprobe (total Bacteroides). Host‐specific Bacteroides qPCRs developed by other authors and assayed in this study: HF183 (human), Pig‐2‐Bac (pig), and Rum‐2‐Bac (ruminants). SOMCPH: somatic coliphages. Relative abundance of Bacteroides cells in the samples were calculated with Bacprobe results considering five copies of 16S rRNA gene in Bacteroides thetaiotaomicron (Pei et al. 2010)

Source	Host‐specific Bacteroides qPCRs in this study (GC/mL)					Other proposed host‐specific targets (GC/mL)			B. thetaiotaomicroncells/mL	Escherichia coli (cfu/mL)	SOMCPH (pfu/mL)
	HMprobeBac	PLprobeBac	PGprobeBac	CWprobeBac	Bacprobe	HF183	Pig‐2‐Bac	Rum‐2‐Bac
Human
Positive (%)	5/11 (45.5)	0/11 (0)	0/11 (0)	5/5 (100)	11/11 (100)	6/6 (100)	2/9 (22.2)	0/11 (0)		11/11 (100)	11/11 (100)
Max value	2.05 × 109	0	0	4.59 × 106	1.80 × 108	1.14 × 107	2.12 × 106	0	3.6 × 107	9.15 × 106	9.77 × 105
Min value	0	0	0	4.44 × 104	4.56 × 104	4.42 × 106	0	0	9.1 × 103	2.01 × 104	8.80 × 103
Meana	7.95 × 107			1.48 × 106	1.28 × 107	7.56 × 106	2.12 × 105		2.6 × 106	2.96 × 105	4.20 × 104
Poultry
Positive (%)	0/11 (0)	8/11 (72.7)	0/11 (0)	5/5 (100)	11/11 (100)	6/6 (100)	5/9 (55.6)	0/11 (0)		11/11 (100)	11/11 (100)
Max value	0	2.84 × 109	0	2.52 × 106	1.28 × 109	3.61 × 106	2.99 × 106	0	2.6 × 108	1.72 × 105	9.25 × 106
Min value	0	0	0	5.74 × 103	6.25 × 105	2.03 × 106	0	0	1.2 × 105	6.31 × 104	2.70 × 102
Meana		5.42 × 107		1.61 × 105	3.93 × 107	2.82 × 106	6.71 × 105		7.9 × 106	2.70 × 105	4.20 × 104
Pig
Positive (%)	0/12 (0)	0/12 (0)	6/12 (50)	5/5 (100)	12/12 (100)	5/9 (55.6)	12/12 (100)	0/12 (0)		12/12 (100)	12/12 (100)
Max value	0	0	5.68 × 107	5.52 × 108	5.24 × 108	9.42 × 105	3.03 × 108	0	1.1 × 108	6.00 × 105	2.95 × 105
Min value	0	0	0	5.98 × 105	2.39 × 105	0	1.10 × 107	0	4.8 × 104	1.35 × 104	1.57 × 104
Meana			5.40 × 106	2.80 × 107	5.61 × 107	1.23 × 105	4.15 × 107		1.1 × 107	7.80 × 104	5.65 × 104
Cattle
Positive (%)	0/10 (0)	0/10 (0)	1/10 (10)	5/5 (100)	10/10 (100)	5/5 (100)	7/10 (70)	7/10 (70)		10/10 (100)	10/10 (100)
Max value	0	0	4.86 × 102	1.16 × 107	1.80 × 109	3.32 × 106	3.45 × 106	2.70 × 103	3.6 × 108	3.54 × 106	3.25 × 106
Min value	0	0	0	2.97 × 105	5.79 × 106	1.04 × 105	0	0	1.2 × 106	2.51 × 104	1.00
Meana			4.86 × 102	2.28 × 106	1.46 × 108	4.12 × 105	2.02 × 104	2.06 × 102	2.9 × 107	2.14 × 105	4.73 × 103

^aGeometric mean calculated from positive results.