. Author manuscript; available in PMC: 2017 Mar 1.

Published in final edited form as: Nat Genet. 2016 Feb 8;48(3):245–252. doi: 10.1038/ng.3506

Table 1.

TWAS significant genes with no known GWAS risk variants within 500Kb.

GWAS	trainingexpression	gene	chr	locus start	locus end	p-value
GWAS	trainingexpression	gene	chr	locus start	locus end	TWAS	permuted	bestcis-SNP
LOCKE.BMI	omnibus	INO80E	16	29506615	30517114	3E-09	3E-07	3E-06	^*
LOCKE.BMI	omnibus	FTSJ3	17	61396793	62407372	1E-07	5E-06	9E-07	^*
LOCKE.BMI	omnibus	PAM	5	101589685	102866809	3E-07	4E-09	3E-03	^*
LOCKE.BMI	YFS	GGNBP2	17	34400737	35446278	1E-06	7E-05	3E-06	^*
LOCKE.BMI	YFS	MYO19	17	34351477	35399284	3E-06	4E-05	3E-06	^*
LOCKE.BMI	omnibus	OPRL1	20	62211526	63231996	3E-06	9E-05	2E-05	^*
LOCKE.BMI	NTR	RABGAP1	9	125203287	126367145	4E-06	3E-05	1E-05	^*
LOCKE.BMI	YFS	SMARCD2	17	61409444	62420425	5E-06	9E-05	9E-07	^*
LOCKE.BMI	METSIM	AL049840.1	14	103677607	104679149	5E-06	5E-05	1E-07	^*
LOCKE.BMI	omnibus	LPAR2	19	19234477	20239739	6E-06	3E-05	4E-06	^*
WILLER.HDL	YFS	MRPS18B	6	30085486	31094172	1E-07	2E-02	4E-06
WILLER.LDL	omnibus	PAM	5	101589685	102866809	4E-15	9E-12	2E-03	^*
WILLER.LDL	omnibus	ITIH4	3	52346991	53365495	8E-09	4E-06	3E-05	^*
WILLER.LDL	omnibus	WARS	14	100300125	101343142	1E-08	6E-07	3E-05	^*
WILLER.LDL	omnibus	MAN2C1	15	75148133	76160971	1E-08	1E-05	6E-05	^*
WILLER.LDL	YFS	DHRS13	17	26724799	27730089	6E-07	4E-04	2E-06	^*
WILLER.LDL	YFS	ERAL1	17	26681956	27688085	8E-07	9E-04	2E-06
WILLER.LDL	YFS	HCG27	6	30665537	31671745	2E-06	7E-03	7E-08
WILLER.LDL	YFS	VARS2	6	30376019	31394236	3E-06	2E-02	1E-05
WILLER.LDL	omnibus	PEX6	6	42431608	43446958	5E-06	3E-05	4E-04	^*
WILLER.LDL	omnibus	CSK	15	74574398	75595539	6E-06	1E-04	1E-05	^*
WILLER.TC	omnibus	PAM	5	101589685	102866809	9E-15	3E-13	5E-03	^*
WILLER.TC	omnibus	WARS	14	100300125	101343142	2E-08	4E-06	2E-05	^*
WILLER.TC	omnibus	MAN2C1	15	75148133	76160971	3E-07	7E-05	2E-06	^*
WILLER.TC	omnibus	ITIH4	3	52346991	53365495	6E-07	2E-05	5E-05	^*
WILLER.TC	NTR	CDK2AP1	12	123245552	124256687	6E-07	2E-04	5E-06	^*
WILLER.TC	YFS	TBKBP1	17	45271447	46289416	9E-07	3E-04	2E-07	^*
WILLER.TC	METSIM	RPP25	15	74746757	75749805	2E-06	2E-04	9E-07	^*
WILLER.TC	omnibus	CSK	15	74574398	75595539	2E-06	9E-05	9E-07	^*
WILLER.TC	YFS	MPI	15	74682346	75691798	2E-06	2E-04	5E-06	^*
WILLER.TC	omnibus	DAGLB	7	5948757	7023821	2E-06	8E-05	7E-06	^*
WILLER.TC	NTR	TOM1	22	35195267	36243985	2E-06	2E-06	1E-06	^*
WILLER.TC	METSIM	HMGXB4	22	35153445	36191800	3E-06	4E-05	4E-07	^*
WILLER.TC	NTR	C17orf68	17	7628139	8651413	3E-06	6E-06	2E-07	^*
WILLER.TG	YFS	PABPC4	1	39526488	40542462	1E-08	1E-04	8E-08	^*
WILLER.TG	omnibus	PACS1	11	65337834	66512218	5E-08	3E-04	1E-05	^*
WOOD.HEIGHT	omnibus	INO80E	16	29506615	30517114	2E-10	2E-05	1E-07	^*
WOOD.HEIGHT	NTR	INPP5B	1	37825435	38912729	2E-09	1E-06	1E-06	^*
WOOD.HEIGHT	omnibus	MEGF9	9	122863091	123976748	3E-09	2E-04	1E-07	^*
WOOD.HEIGHT	omnibus	ATF1	12	50657493	51714905	6E-09	4E-05	1E-06	^*
WOOD.HEIGHT	omnibus	PAM	5	101589685	102866809	2E-08	8E-06	1E-05	^*
WOOD.HEIGHT	omnibus	CNIH4	1	224044552	225067161	3E-08	2E-05	6E-08	^*
WOOD.HEIGHT	omnibus	PLEKHA1	10	123634212	124691867	1E-07	3E-05	6E-07	^*
WOOD.HEIGHT	NTR	PDXDC1	16	14568832	15632186	1E-07	3E-03	7E-06
WOOD.HEIGHT	YFS	MSRB2	10	22884435	23910942	2E-07	2E-04	3E-06	^*
WOOD.HEIGHT	YFS	ZNF213	16	2679778	3692806	2E-07	1E-03	6E-07
WOOD.HEIGHT	NTR	YWHAB	20	43014185	44037354	5E-07	3E-04	4E-06	^*
WOOD.HEIGHT	NTR	ITM2B	13	48307273	49336451	5E-07	4E-05	1E-06	^*
WOOD.HEIGHT	omnibus	WDSUB1	2	159592304	160643310	7E-07	3E-04	5E-06	^*
WOOD.HEIGHT	NTR	STAT6	12	56989190	58005129	8E-07	3E-03	8E-06
WOOD.HEIGHT	omnibus	PLCL1	2	198169426	199937305	9E-07	4E-03	6E-07
WOOD.HEIGHT	YFS	H2AFJ	12	14427270	15430936	1E-06	4E-04	6E-07	^*
WOOD.HEIGHT	YFS	FAM8A1	6	17100586	18111950	1E-06	2E-03	1E-07
WOOD.HEIGHT	METSIM	AC016995.3	2	38133861	39242882	1E-06	3E-04	4E-05	^*
WOOD.HEIGHT	omnibus	CDA	1	20415441	21445401	1E-06	3E-04	6E-07	^*
WOOD.HEIGHT	YFS	ECHDC2	1	52861656	53892884	1E-06	3E-03	1E-05
WOOD.HEIGHT	YFS	NFATC3	16	67618654	68763162	2E-06	4E-03	4E-07
WOOD.HEIGHT	YFS	SH3YL1	2	−282270	766398	2E-06	1E-04	6E-07	^*
WOOD.HEIGHT	omnibus	PABPC4	1	39526488	40542462	3E-06	4E-04	6E-06	^*
WOOD.HEIGHT	METSIM	RP11-473M20.14	16	2666043	3684883	3E-06	4E-03	1E-07
WOOD.HEIGHT	omnibus	HEBP1	12	12627798	13653207	3E-06	7E-04	1E-06	^*
WOOD.HEIGHT	YFS	KBTBD2	7	32407784	33433743	3E-06	4E-03	1E-07
WOOD.HEIGHT	METSIM	LRRC69	8	91614060	92731464	3E-06	6E-04	6E-07	^*
WOOD.HEIGHT	YFS	RAB23	6	56553607	57587078	4E-06	4E-03	6E-07
WOOD.HEIGHT	YFS	PPP4C	16	29587299	30596698	5E-06	1E-03	1E-07
WOOD.HEIGHT	NTR	B3GALNT2	1	235110442	236167884	5E-06	5E-04	1E-06	^*
WOOD.HEIGHT	YFS	PSRC1	1	109322178	110325808	5E-06	3E-04	1E-07	^*
WOOD.HEIGHT	YFS	ACSS1	20	24486868	25539616	5E-06	6E-04	1E-06	^*
WOOD.HEIGHT	omnibus	GGPS1	1	234990665	236007847	5E-06	4E-04	3E-07	^*

Significant after permutation