Table 1.

Spoligotypes of Mycobacterium tuberculosis strains in this study (n = 1017)

No.	Spoligotype	SITa	Familyb	N(%)c
1	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■	1	Beijing	863(84.9)
2	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■□■■■	190	Beijing	18(1.8)
3	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■□■■■■	255	Beijing	2(0.2)
4	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■□□■■■■■	260	Beijing	4(0.4)
5	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■□■■■■■■	265	Beijing	3(0.3)
6	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■	269	Beijing	6(0.6)
7	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□■■■	406	Beijing	1(0.1)
8	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■□□■■	541	Beijing	2(0.2)
9	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■□■■■■■■■	621	Beijing	4(0.4)
10	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□■■■■■	632	Beijing	2(0.2)
11	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■□■■	941	Beijing	2(0.2)
12	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■□□□□	1311	Beijing	2(0.2)
13	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□□■■■■	1364	Beijing	1(0.1)
14	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■□■	1674	Beijing	1(0.1)
15	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■□□□□□□□	2101	Beijing	3(0.3)
16	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■□	2610	Beijing	2(0.2)
17	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□□□■■■	Orphan	Beijing	1(0.1)
18	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□■□■■■	Orphan	Beijing	1(0.1)
19	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	53	T1	20(2.0)
20	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■■■■■■	240	T1	1(0.1)
21	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□■■	956	T1	2(0.2)
22	■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	334	T1	2(0.2)
23	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□	1793	T1	1(0.1)
24	■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	498	T1	1(0.1)
25	■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	131	T1	1(0.1)
26	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□■■■■■■■□□□□■■■■■■■	1688	T1	1(0.1)
27	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	291	T1	1(0.1)
28	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■□□□□■■■■■■■	1626	T1	1(0.1)
29	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■□□□□■■■■■■■	462	T1	1(0.1)
30	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■□□□□□□□■■■■	Orphan	T1	2(0.2)
31	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■□■■■■■	520	T1	1(0.1)
32	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■□	522	T1	3(0.3)
33	■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	280	T1-RUS2	1(0.1)
34	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■	52	T2	9(0.9)
35	■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■	848	T2	1(0.1)
36	□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■	1613	T2	1(0.1)
37	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□■□■■■	Orphan	T2	1(0.1)
38	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■□□□□■■■□■■■	Orphan	T2	1(0.1)
39	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□■■□□□□■■■□■■■	233	T2	2(0.2)
40	■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	37	T3	2(0.2)
41	■□■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	Orphan	T3	3(0.3)
42	■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	40	T4	1(0.1)
43	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	44	T5	1(0.1)
44	■□□□□□■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	961	LAM1	1(0.1)
45	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	42	LAM9	1(0.1)
46	■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	803	LAM9	1(0.1)
47	■■■■■■■■■■■■■□□□□■□□□□□□■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	2191	LAM9	1(0.1)
48	■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□	2379		1(0.1)
49	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■	54	MANU2	4(0.4)
50	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■□■■■■■■■■□□■■■■■■■■■	1523	MANU2	1(0.1)
51	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■	1192	MANU2	2(0.2)
52	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■	50	H3	3(0.3)
53	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■□■□□□□■■■■■■■	268	H3	2(0.2)
54	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■	791	H3	1(0.1)
55	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■□□□□■■■■■■■	1908	H3	1(0.1)
56	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□■■■■■■■	602	U	1(0.1)
57	■□■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■□■■■	Orphan	AMBIGOUS:T3T2	3(0.3)
58	■■■■■■■□■■■■■■■■□■■■□■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■	-	New	1(0.1)
59	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□■■■■■■□□□□□□■■■■■	-	New	1(0.1)
60	■□□■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■□□□□□□■■□□□■□■■	-	New	1(0.1)
61	■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□□□□□□□	-	New	1(0.1)
62	■■■■■■■■■■■■□□■■■■■■■■■■■■■□■□■■□□■■■■■■■■■	-	New	1(0.1)
63	□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□□■■■□■■■	-	New	1(0.1)
64	■■■■■■■■■■■■□■■■■■■■■■■■■■■■■□■■□□□□■■□■■■■	-	New	1(0.1)
65	■□■■■■■■■■■■□■■■□■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	-	New	1(0.1)
66	■□□□□□□■■■■□□■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■	-	New	1(0.1)
67	■□■■■■■■■■■■□□□□■■■■■■■■■■■■■■■■□□□□■■□□■■■	-	New	1(0.1)
68	■□■■■■■■■■■■■■■■■■□■■□□□■■■■■■■■■■■■■■■□■■■	-	New	1(0.1)
69	■■■■■■□□□■■■■■■■■■■■■■□□□□□□□□□■□□□□■■■■■■■	-	New	1(0.1)
70	■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■■□□■■■□□□□□□□□■■■□	-	New	1(0.1)
71	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■■■□■□■	-	New	1(0.1)
72	□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□□■■■□□□□□□	-	New	1(0.1)

^a SIT spoligotype international type

^bSpoligotype families as assigned in SpolDB4.0

^cThe number of the strains with a common SIT