Table 3.
Cytology according to the Papanicolaou system (Bethesda system) per histological subgroup. Methylation and HPV positivity of the 8 new methylation markers and 4 known markers tested with QMSP in cervical scrapings from patients with CIN0, CIN1, CIN2, CIN3, and (mi)Ca (n = 215)
| Cytology | CIN0 | CIN 1 | CIN2 | CIN3 | miCa |
|---|---|---|---|---|---|
| Pap2 (ASCUS) | 9/27 (33 %) | 9/38 (24 %) | 2/45 (4 %) | 0 | 0 |
| Pap3A (LSIL) | 18/27 (66 %) | 27/38 (71 %) | 36/45 (80 %) | 18/61 (30 %) | 5/44 (11 %) |
| Pap3B (HSIL) | 0 | 2/38 (5 %) | 6/45 (13 %) | 33/61 (54 %) | 27/44 (61 %) |
| Pap4 (HSIL) | 0 | 0 | 1/45 (2 %) | 10/61 (16 %) | 8/44 (18 %) |
| Pap5 (miCa) | 0 | 0 | 0 | 0 | 3/44 (7 %) |
| Unknown | 0 | 0 | 0 | 0 | 1/44 (2 %) |
| New genes | |||||
| ZSCAN1 | 20/27 (74 %) | 28/38 (74 %) | 41/45 (91 %) | 55/61 (90 %) | 44/44 (100 %) |
| ST6GALNAC5 | 22/27 (82 %) | 33/38 (87 %) | 39/45 (84 %) | 56/61 (92 %) | 41/44 (93 %) |
| ANKRD18CP | 3/26 (12 %) | 8/36 (22 %) | 20/45 (44 %) | 33/59 (56 %) | 37/43 (86 %) |
| CDH6 | 10/26 (39 %) | 15/36 (42 %) | 25/45 (56 %) | 40/59 (68 %) | 42/43 (98 %) |
| GFRA1 | 1/26 (4 %) | 4/36 (11 %) | 9/45 (20 %) | 23/59 (39 %) | 35/43 (81 %) |
| GATA4 | 14/26 (54 %) | 21/36 (58 %) | 35/45 (78 %) | 47/59 (80 %) | 41/43 (95 %) |
| KCNIP4 | 24/27 (89 %) | 36/38 (95 %) | 44/45 (98 %) | 61/61 (100 %) | 43/44 (98 %) |
| LHX8 | 12/26 (46 %) | 20/36 (56 %) | 29/45 (64 %) | 48/59 (81 %) | 41/43 (95 %) |
| Known genes | |||||
| C13ORF18 | 2/27 (7 %) | 1/38 (3 %) | 9/45 (20 %) | 24/61 (39 %) | 27/44 (61 %) |
| JAM3 | 3/27 (11 %) | 3/38 (8 %) | 18/45 (40 %) | 39/61 (64 %) | 37/44 (84 %) |
| EPB41L3 | 2/27 (7 %) | 12/38 (32 %) | 18/45 (40 %) | 44/61 (72 %) | 41/44 (93 %) |
| TERT | 13/27 (48 %) | 22/38 (58 %) | 29/45 (64 %) | 51/61 (84 %) | 43/44 (98 %) |
| HPV test | |||||
| hrHPV | 12/26 (46 %) | 24/36 (67 %) | 36/45 (80 %) | 49/59 (83 %) | 31/43 (72 %) |