Table S1.

Primers used in qRT-PCR, EMSA, ChIP, and MeDIP

Experiment	Target	Sense	Antisense
qRT-PCR	18S rRNA	5′-GTAACCCGTTGAACCCCATT-3′	5′-CCATCCAATCGGTAGTAGCG-3′
	CTCF	5′-CTTTGCAGCCACGGAGAG-3′	5′-TCTCCTTTCCTTTAATAAAAGTTTCG-3′
	Tax	5′-CCGGCGCTGCTCTCATCCCGGT-3′	5′-GGCCGAACATAGTCCCCCAGAG-3′
	sHBZ	5′-GGACGCAGTTCAGGAGGCAC-3′	5′-CCTCCAAGGATAATAGCCCG-3′
	TCHP	5′-GGGGACTCTTCGGAAACTCC-3′	5′-TTGGAGCTGCAGATGTCAGA-3′
	GIT2	5′-GGGTCTTCTTGCACTCTGAC-3′	5′-GCACCGAAGATGTCATCAGG-3′
	C12orf76	5′-CCGAATGGGCTTGTAGACAC-3′	5′-GGAAGTGGCCTCTCTGCT-3′
EMSA probe synthesis	LTR	5′-GAGAAACAGAAGTCTGAAAAGGTCA-3′	5′-GACACGTCAGGGCCTAGC-3′
	Env	5′-GCTAGTTCTGCCCAGTGGAT-3′	5′-TTGGTGGTCTTTTTCTTTGG-3′
	pX	5′-CCGATCACGATGCGTTTC-3′	5′-ACGGTTTGCTATCCTTAGAAGA-3′
ChIP HTLV-1	5′ LTR	5′-GACAGCCCATCCTATAGCACTC-3′	5′-CTAGCGCTACGGGAAAAGATT-3′
	Gag	5′-CAGAGGAAGATGCCCTCCTATT-3′	5′-GTCAACCTGGGCTTTAATTACG-3′
	Pol	5′-CAGCCCATTCGGCAAG-3′	5′-TGAGAGTAGTAGTAGGTCCTCATGG-3′
	Env	5′-GCTAGTTCTGCCCAGTGGAT-3′	5′-TTGGTGGTCTTTTTCTTTGG-3′
	vCTCF	5′-CCGATCACGATGCGTTTC-3′	5′-ACGGTTTGCTATCCTTAGAAGA-3′
	tax	5′-CTCCTTCCGTTCCACTCAAC-3′	5′-GTGGTAGGCCTTGGTTTGAA-3′
	3′ LTR	5′-AATACACCAACATCCCCATTTC-3′	5′-GTTTTTCACTGGGAGGCTCTAA-3′
ChIP HIV-1	5′ LTR	5′-TCAAGTAGTGTGTGCCCGTC-3′	5′-TCGCTTTCAGGTCCCTGTTC-3′
	Gag	5′-GCAGAGAGGCAATTTTAGGAACC3′	5′-CCTTTTTCCTAGGGGCCCTG-3′
	Pol	5′-TCCCTTAGATGAAGACTTCAGGA-3′	5′-CCATCCCTGTGGAAGCACAT-3′
	Pol2	5′-TCAGAAGACTGAGTTACAAGCAA-3′	5′-TGTGCTTGAATGATTCCTAATGCA-3′
	vif	5′-CCAGCAAAGCTCCTCTGGAA-3′	5′-GCCACACAATCATCACCTGC-3′
	Env	5′-CTAGAGCCCTGGAAGCATCC-3′	5′-TCCGCTTCTTCCTGCCATAG-3′
	tat	5′-TGTACACATGGAATTAGGCCAGT-3′	5′-TGGTTTTAGCATTGTCCGTGAAA-3′
	nef	5′-CAACTCACAGTCTGGGGCAT-3′	5′-TAGCATTCCAAGGCACAGCA-3′
	3′ LTR	5′-GGGGACTGGAAGGGCTAATT-3′	5′-GGCCCTGGTGTGTAGTTCTG-3′
	TC-1	5′-TCTCCAGCACTTCTTGCTCA-3′	5′-TGGGATGGCTAACCTGTTGT-3′
MeDIP HTLV-1	5′ LTR	5′-GACAGCCCATCCTATAGCACTC-3′	5′-CTAGCGCTACGGGAAAAGATT-3′
	Gag	5′-CCTATGTCAAGACCCAACTCACT-3′	5′-GGAGGTCTAATAGGAGGGCATCT-3′
	Pol	5′-CCCCTATGTCAAGACCCAAC-3′	5′-GCGGGGAGGTCTAATAGGAG-3′
	Env	5′-GCTAGTTCTGCCCAGTGGAT-3′	5′-TTGGTGGTCTTTTTCTTTGG-3′
	vCTCF	5′-CCGATCACGATGCGTTTC-3′	5′-ACGGTTTGCTATCCTTAGAAGA-3′
	tax	5′-CTCCTTCCGTTCCACTCAAC-3′	5′-GTGGTAGGCCTTGGTTTGAA-3′
	3′ LTR	5′-AATACACCAACATCCCCATTTC-3′	5′-GTTTTTCACTGGGAGGCTCTAA-3′