Table 3. sRNAs identified in A. pleuropneumoniae JL03.

ID	Start#	End#	Length (nt)	Promoter	Terminator	Flanking gene (left)	Flanking gene (right)	Rfam annotation	Conservation across other genome*
APP-S1	43810	43854	45	Y	-	APJL_0040(+)	APJL_0041(+)	-	A
APP-S2	69850	69943	94	Y	-	APJL_0062(-)	APJL_0062(+)	-	A
APP-S3	69955	70012	58	Y	-	APJL_0062(-)	APJL_0062(+)	-	B
APP-S4	73341	73502	162	Y	-	APJL_0062(-)	APJL_0062(+)	-	A
APP-S5	128399	128496	98	Y	Y	APJL_0108(-)	APJL_0109(-)	-	A
APP-S6	129934	130203	270	Y	-	APJL_0110(-)	APJL_0111(-)	6S	C
APP-S7	136144	136180	36	-	Y	APJL_0118(+)	APJL_0119(-)	-	A
APP-S8	136390	136532	132	Y	-	APJL_0119(-)	APJL_0120(+)	cspA	C
APP-S9	147458	147839	381	-	Y	APJL_0131(-)	APJL_0132(+)	GcvB	B
APP-S10	184303	184395	93	Y	-	APJL_0165(-)	APJL_0166(+)	-	A
APP-S11	184404	184496	93	Y	-	APJL_0165(-)	APJL_0166(+)	-	A
APP-S12	193258	193351	94	Y	Y	APJL_0174(-)	APJL_0175(+)	-	A
APP-S13	283501	283565	65	Y	-	APJL_0261(+)	APJL_0262(-)	-	A
APP-S14	383608	383698	91	Y	Y	APJL_0358(-)	APJL_0359(-)	-	A
APP-S15	466389	466478	90	-	Y	APJL_0425(-)	APJL_0426(+)	-	A
APP-S16	517137	517215	79	-	Y	APJL_0468(+)	APJL_0471(-)	-	A
APP-S17	598881	599063	182	-	Y	APJL_0553(+)	APJL_0559(+)	t44	B
APP-S18	703124	703153	30	Y	Y	APJL_0644(-)	APJL_0645(-)	-	C
APP-S19	753851	754045	195	-	Y	APJL_0686(-)	APJL_0687(-)	MOCO_RNA_motif	B
APP-S20	755351	755515	164	-	Y	APJL_0687(-)	APJL_0688(+)	MOCO_RNA_motif	B
APP-S21	765539	765588	50	Y	Y	APJL_0696(-)	APJL_0697(-)	-	B
APP-S22	773794	773833	40	-	Y	APJL_0700(-)	APJL_0703(-)	-	A
APP-S23	783905	783980	76	Y	-	APJL_0707(-)	APJL_0708(+)	-	A
APP-S24	801903	801952	50	Y	Y	APJL_0730(+)	APJL_0731(-)	-	B
APP-S25	888250	888433	184	Y	-	APJL_0809(-)	APJL_0810(-)	Bacteria_small_SRP	C
APP-S26	908467	908556	90	Y	-	APJL_0825(-)	APJL_0826(+)	-	A
APP-S27	1004946	1005007	62	Y	-	APJL_0908(+)	APJL_0909(+)	-	A
APP-S28	1144702	1144793	92	Y	Y	APJL_1031(-)	APJL_1032(-)	-	A
APP-S29	1211704	1211736	33	Y	Y	APJL_1093(-)	APJL_1094(-)	-	D
APP-S30	1227906	1227961	56	Y	Y	APJL_1107(-)	APJL_1108(-)	-	A
APP-S31	1236854	1236954	101	Y	Y	APJL_1117(+)	APJL_1118(+)	-	A
APP-S32	1239160	1239199	40	Y	Y	APJL_1119(+)	APJL_1120(+)	-	C
APP-S33	1253148	1253181	34	Y	Y	APJL_1129(+)	APJL_1130(+)	-	B
APP-S34	1269545	1269848	303	Y	-	APJL_1146(-)	APJL_1147(-)	Glycine	C
APP-S35	1304170	1304219	50	-	Y	APJL_1180(-)	APJL_1181(-)	-	A
APP-S36	1327989	1328023	35	-	Y	APJL_1205(+)	APJL_1206(-)	-	B
APP-S37	1375766	1375806	41	-	Y	APJL_1251(+)	APJL_1252(+)	-	B
APP-S38	1431012	1431043	32	Y	-	APJL_1305(-)	APJL_1306(+)	-	B
APP-S39	1471055	1471094	40	Y	-	APJL_1340(+)	APJL_1341(+)	-	A
APP-S40	1575463	1575524	62	Y	Y	APJL_1433(+)	APJL_1434(+)	-	A
APP-S41	1591719	1591803	85	Y	-	APJL_1447(-)	APJL_1448(+)	-	A
APP-S42	1610164	1610233	70	Y	-	APJL_1463(-)	APJL_1464(+)	-	A
APP-S43	1742806	1742919	114	Y	-	APJL_1585(-)	APJL_1586(+)	-	A
APP-S44	1810752	1810833	82	Y	-	APJL_1657(-)	APJL_1658(+)	-	A
APP-S45	1861523	1861613	91	-	Y	APJL_1704(+)	APJL_1705(+)	-	A
APP-S46	1893513	1893575	63	Y	-	APJL_1732(-)	APJL_1733(+)	-	A
APP-S47	1968939	1969074	136	Y	Y	APJL_1816(+)	APJL_1817(+)	Alpha_RBS	C
APP-S48	1994835	1994869	35	Y	-	APJL_1847(-)	APJL_1848(+)	-	B
APP-S49	2032687	2032872	186	Y	-	APJL_1880(+)	APJL_1881(-)	-	A
APP-S50	2054874	2054924	51	Y	Y	APJL_1898(+)	APJL_1899(+)	-	A
APP-S51	2212991	2213203	212	-	Y	APJL_2068(-)	APJL_2069(+)	His_leader	B

^#The start and end represents the boundaries of identified TAR(transcriptionally active region)which is a potential sRNA region.

*sRNA sequences conserved in; A- Actinobacillus pleuropneumoniae. B- Actinobacillus. C- Pasteurellales. D-across distant bacterial species.