Skip to main content
. Author manuscript; available in PMC: 2016 Mar 29.
Published in final edited form as: J Phys Chem B. 2007 Jan 27;111(7):1846–1857. doi: 10.1021/jp066831u

Table 4.

GB Effective Radii Average RMSD from Perfect (PE) Radii (Ǻ)

A) All GBHCT GBOBC GBNeck F) C GBHCT GBOBC GBNeck

alpha 0.25 ± 0.01 0.19 ± 0.01 0.22 ± 0.02 alpha 0.16 ± 0.01 0.19 ± 0.02 0.42 ± 0.03
hairpin 0.18 ± 0.01 0.16 ± 0.01 0.12 ± 0.01 hairpin 0.08 ± 0.01 0.20 ± 0.01 0.25 ± 0.02
left 0.20 ± 0.01 0.20 ± 0.01 0.32 ± 0.03 left 0.12 ± 0.01 0.29 ± 0.03 0.58 ± 0.04
pp2 0.06 ± 0.00 0.11 ± 0.01 0.04 ± 0.00 pp2 0.07 ± 0.01 0.09 ± 0.01 0.05 ± 0.01

B) BB GBHCT GBOBC GBNeck G) CA GBHCT GBOBC GBNeck

alpha 0.35 ± 0.02 0.26 ± 0.01 0.31 ± 0.03 alpha 0.05 ± 0.01 0.34 ± 0.02 0.26 ± 0.02
hairpin 0.20 ± 0.02 0.20 ± 0.01 0.16 ± 0.01 hairpin 0.09 ± 0.01 0.26 ± 0.01 0.12 ± 0.01
left 0.27 ± 0.02 0.26 ± 0.02 0.45 ± 0.04 left 0.07 ± 0.01 0.36 ± 0.02 0.37 ± 0.03
pp2 0.06 ± 0.00 0.12 ± 0.01 0.05 ± 0.00 pp2 0.03 ± 0.01 0.18 ± 0.01 0.04 ± 0.01

C) H GBHCT GBOBC GBNeck H) CB GBHCT GBOBC GBNeck

alpha 0.71 ± 0.04 0.29 ± 0.04 0.19 ± 0.06 alpha 0.03 ± 0.00 0.03 ± 0.00 0.12 ± 0.01
hairpin 0.39 ± 0.04 0.19 ± 0.03 0.15 ± 0.03 hairpin 0.04 ± 0.00 0.04 ± 0.00 0.08 ± 0.00
left 0.50 ± 0.04 0.13 ± 0.02 0.43 ± 0.06 left 0.01 ± 0.00 0.02 ± 0.00 0.10 ± 0.00
pp2 0.04 ± 0.00 0.10 ± 0.01 0.02 ± 0.00 pp2 0.03 ± 0.00 0.04 ± 0.00 0.05 ± 0.00

D) O GBHCT GBOBC GBNeck I) HA GBHCT GBOBC GBNeck

alpha 0.16 ± 0.01 0.09 ± 0.01 0.20 ± 0.02 alpha 0.07 ± 0.00 0.19 ± 0.01 0.04 ± 0.01
hairpin 0.16 ± 0.01 0.08 ± 0.01 0.11 ± 0.02 hairpin 0.34 ± 0.03 0.23 ± 0.02 0.12 ± 0.03
left 0.18 ± 0.01 0.07 ± 0.01 0.24 ± 0.02 left 0.10 ± 0.01 0.21 ± 0.01 0.11 ± 0.02
pp2 0.03 ± 0.00 0.02 ± 0.00 0.04 ± 0.00 pp2 0.08 ± 0.00 0.18 ± 0.01 0.02 ± 0.00

E) N GBHCT GBOBC GBNeck

alpha 0.26 ± 0.01 0.30 ± 0.03 0.37 ± 0.04
hairpin 0.16 ± 0.01 0.21 ± 0.02 0.11 ± 0.02
left 0.27 ± 0.02 0.31 ± 0.03 0.52 ± 0.05
pp2 0.08 ± 0.01 0.13 ± 0.01 0.07 ± 0.01

J) Overall Averages
GBHCT GBOBC GBNeck GBHCT GBOBC GBNeck

All 0.17 0.16 0.17 C 0.11 0.19 0.33
BB 0.22 0.21 0.24 CA 0.06 0.29 0.20
H 0.41 0.18 0.20 CB 0.03 0.03 0.09
O 0.13 0.06 0.15 HA 0.15 0.20 0.08
N 0.19 0.24 0.27