Table 5.

The Mean Squared Errors (MSEs) of the Parameter Estimates Based on 1000 Replicates for SNPs in High LD.

Sample Size	Marginal Variance	PR	ZIP	NB	ZINB	LASSO	AL
n = 200	0.01	25319.77	44548.96	113.34	31530.87	0.01	0.01
	0.02	18119.28	36267.35	206.43	24101.56	0.03	0.03
	0.03	26.05	16570.53	43.01	4579.47	0.04	0.04
	0.04	38.17	16627.73	44.04	4696.22	0.05	0.06
	0.05	38.46	15896.03	46.58	4592.57	0.07	0.07
	0.06	436.29	2521216	727.7	5014.9	0.09	0.09
n = 500	0.01	0.31	0.72	0.39	0.7	0.01	0.01
	0.02	0.32	0.7	0.4	0.67	0.02	0.02
	0.03	0.32	0.69	0.41	0.67	0.04	0.04
	0.04	0.33	0.68	0.41	0.67	0.05	0.05
	0.05	0.35	0.71	0.43	0.74	0.06	0.06
	0.06	0.36	0.68	0.44	0.67	0.07	0.07
n = 1000	0.01	0.13	0.16	0.15	0.16	0.01	0.01
	0.02	0.13	0.16	0.15	0.16	0.02	0.02
	0.03	0.13	0.16	0.15	0.16	0.03	0.03
	0.04	0.14	0.16	0.16	0.16	0.04	0.03
	0.05	0.15	0.16	0.16	0.15	0.04	0.04
	0.06	0.16	0.16	0.16	0.15	0.05	0.03