Table 2. Prediction accuracy (r _MG ) of all target traits evaluated under well-watered conditions, when low-density SNPs were included in the prediction model.

Population no.	Prediction accuracy in CV1						Prediction accuracy in CV2
	GY_WW		AD_WW		PH_WW		GY_WW		AD_WW		PH_WW
	G1	G1E	G1	G1E	G1	G1E	G1	G1E	G1	G1E	G1	G1E
1	0.17	0.26	0.05	0.01	0.49	0.51	0.35	0.45	0.24	0.21	0.67	0.69
2	0.10	0.17	0.27	0.25	—	—	0.28	0.33	0.43	0.45	—	—
3	0.16	0.27	0.63	0.64	0.40	0.39	0.33		0.82	0.85	0.55	0.55
4	0.20	0.23	0.24	0.23	0.41	0.41	0.42	0.47	0.50	0.51	0.76	0.77
5	0.39	0.41	0.11	0.26	0.47	0.46	0.38	0.45	0.24	0.28	0.56	0.55
6	0.12	0.13	0.30	0.30	0.36	0.39	0.19	0.19	0.47	0.47	0.56	0.58
7	0.21	0.23	0.38	0.37	0.25	0.24	0.35	0.38	0.50	0.50	0.38	0.37
8	0.36	0.36	0.24	0.23	0.48	0.48	0.37	0.40	0.38	0.34	0.59	0.60
9	0.18	0.39	0.39	0.42	0.46	0.48	0.24	0.38	0.50	0.52	0.62	0.64
10	0.19	0.21	0.30	0.26	0.35	0.37	0.29	0.32	0.48	0.47	0.59	0.61
11	0.54	1.46	0.41	0.43	0.52	0.54	0.35	1.42	0.51	0.52	0.61	0.62
12	0.43	0.58	0.45	0.44	0.45	0.45	0.35	0.56	0.53	0.54	0.52	0.53
13	0.38	0.43	0.44	0.45	0.52	0.57	0.40	0.49	0.55	0.56	0.58	0.64
14	0.16	0.24	0.21	0.25	0.20	0.23	0.32	0.37	0.36	0.37	0.42	0.43
15	—	—	0.37	0.39	0.34	0.33	—	—	0.42	0.45	0.47	0.47
16	0.28	0.43	0.35	0.40	0.53	0.55	0.25	0.37	0.45	0.50	0.65	0.66
17	0.31	0.40	0.43	0.45	0.59	0.60	0.44	0.56	0.54	0.53	0.75	0.76
18	—	—	0.51	0.54	0.68	0.69	—	—	0.60	0.63	0.73	0.74
19	0.38	0.45	0.26	0.27	0.48	0.46	0.44	0.56	0.51	0.52	0.59	0.59
Average	0.27	0.39	0.33	0.35	0.44	0.45	0.34	0.48	0.47	0.49	0.59	0.60

Abbreviations: CV, cross-validation scheme; SNP, single-nucleotide polymorphism.