Table 3. Genetic characteristics of the trypanosome populations studied.

pos = positive, neg = negative, seq = sequence identity, n.a. = not applicable, n.d. = not done, (f) = faint, * amplification failed may be due to restricted elongation time in PCR protocol or probably high number of repeats present.

	RoTat 1.2		JN 2118Hu		Maxicircle PCR				Minicircle class		Fraction of kinetoplastic cells in vivo	Minisatellite profile
Trypanosome stock or strain	PCR	seq	PCR	seq	ND4	ND5	ND7	A6	A	B	%	MORF2-REP
T.b. brucei AnTat 1.1E	neg	n.a.	pos	identical	pos	pos	pos	pos	pos (f)	neg	n.d.	neg*.
T.b. gambiense LiTat 1.3	neg	n.a.	neg	n.a.	pos	pos	pos	pos	neg	neg	n.d.	7,11 (f)
T. b. gambiense ABBA	neg	n.a.	pos	G300A	pos	pos	pos	pos	neg	neg	n.d.	3
T. evansi RoTat 1.2	pos	identical	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	pos	neg	97	4,6
T. evansi KETRI 2479	neg	n.a.	pos	identical	neg	neg	neg	neg	neg	pos	98	3,5
T. equiperdum Dodola 940	neg	n.a.	neg	n.a.	pos	pos	pos	pos	neg	neg	n.d.	11(f)
MCAM/ET/2013/MU/001	pos	identical	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	pos	neg	97	7
MCAM/ET/2013/MU/002	pos	identical	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	pos	neg	98	6,7
MCAM/ET/2013/MU/004	pos	C699A	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	pos	neg	99	6,7
MCAM/ET/2013/MU/005	pos	identical	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	pos	neg	98	6,7
MCAM/ET/2013/MU/006	pos	identical	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	pos	neg	99	6,7
MCAM/ET/2013/MU/007	pos	identical	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	pos	neg	100	6,7
MCAM/ET/2013/MU/008	pos	identical	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	pos	neg	98	6,7
MCAM/ET/2013/MU/009	pos	identical	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	neg	neg	0%	6,7
MCAM/ET/2013/MU/010	neg	n.a.	pos	identical	neg	neg	neg	neg	neg	pos	98	3,4
MCAM/ET/2013/MU/011	pos	identical	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	pos	pos (f)	98	7
MCAM/ET/2013/MU/013	pos	identical	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	pos	neg	99	6,7
MCAM/ET/2013/MU/014	neg	n.a.	pos	identical	neg	neg	neg	neg	neg	pos	99	3,4
MCAM/ET/2013/MU/015	pos	n.d.	pos	n.d.	neg	neg	neg	neg	pos	pos	98	3,4,6,7
MCAM/ET/2013/MU/017	pos	identical	neg	n.a.	neg	neg	neg	neg	pos	pos (f)	99	6,7