Table 2. Summary of putative presence/absence (P/A) polymorphisms in secreted and nonsecreted genes by chromosome.

Chromosome	# Genes	# Secreted Genes	Proportion Secreted	#Genes in P/A	Proportion Genes P/A	#Secreted Genes P/A	Proportion Secreted PA
CC
1	1774	163	0.09	135	0.08	13	0.08
2	1069	98	0.09	124	0.12	19	0.19
3	1012	112	0.11	85	0.08	13	0.12
4	755	66	0.09	77	0.10	10	0.15
5	781	80	0.10	88	0.11	12	0.15
6	633	63	0.10	83	0.13	11	0.17
7	774	79	0.10	129	0.17	12	0.15
8	660	56	0.08	68	0.10	4	0.07
9	564	59	0.10	78	0.14	7	0.12
10	470	43	0.09	49	0.10	9	0.21
11	465	50	0.11	62	0.13	5	0.10
12	418	55	0.13	40	0.10	6	0.11
13	328	34	0.10	50	0.15	5	0.15
AC
14	158	6	0.04	135	0.85	4	0.67
15	134	4	0.03	105	0.78	4	1.00
16	134	3	0.02	97	0.72	2	0.67
17	135	2	0.02	116	0.86	1	0.50
18	110	5	0.02	23	0.21	0	0.00
19	114	0	0.04	56	0.49	0	0.00
20	117	2	0.00	106	0.91	2	1.00
21	83	1	0.02	70	0.84	1	1.00
Total CC	9703	958	0.10	1068	0.11	126	0.13
Total AC	985	23	0.02	708	0.72	14	0.61

CC, Core chromosome; AC, accessory chromosome.